Figlio di Ferrante e di Marta Tana di Santena, divenne terzo marchese di Castiglione nel 1593 a soli 16 anni a seguito della mancanza di figli maschi del fratello Rodolfo.
Il suo governo si presentò subito difficile a causa di una disputa con il duca di MantovaVincenzo I sul possesso di Castel Goffredo che occupò molti anni della sua vita. In conseguenza del suo malgoverno Francesco fu costretto a sedare diverse congiure contro di lui ordite dai castiglionesi negli anni 1594, 1595 e 1596. Nel 1597 andò a Praga a intercedere presso l'imperatore e qui nel 1598 sposò Bibiana von Pernstein, figlia di Vratislao cancelliere di Boemia e di Maria Manrique, dalla quale ebbe otto figli. Nel 1598 ottenne la sospirata investitura di Castel Goffredo senza condizioni ma Vincenzo si oppose e il decreto sospeso fino al 1602, anno in cui si stabilì che Castel Goffredo[1] restava al duca Vincenzo e questi cedeva a Francesco Solferino e Medole. Nello stesso anno Lorenzo da Brindisi venne incaricato dall'imperatore Rodolfo II di farsi ambasciatore presso il duca di Mantova Vincenzo affinché restituisse il feudo al marchese di Castiglione.[2] La mediazione fallì.
I dissidi si appianarono e nel 1603 iniziò la sua carriera diplomatica a Praga che si concluse solo alla sua morte. Nel 1604 fu nominato ambasciatore dell'imperatore a Roma. Nel 1609 costruì a Castiglione un convento per i padri Cappuccini, ai quali divenne devoto. È del periodo anche l'erezione della statua e fontana per onorare il ricordo di Domenica Calubini, una giovane che pur di non subire violenza accettò la morte e del Casino Pernestano, residenza estiva dei marchesi.
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