Gli inizi della congregazione risalgono al 1850 quando María Ana Mogas Fontcuberta (1827-1886), la fondatrice,
si unì a un gruppo di novizie cappuccine costrette ad abbandonare il monastero a causa delle leggi antireligiose dell'epoca: le donne, sotto la guida di Josep Tous Soler, si costituirono in fraternità di terziarie cappuccine e il vescovo di Vich affidò loro la gestione di una scuola per fanciulle a Ripoll.[2]
Nel 1868 una comunità di suore guidata dalla Mogas Fontcuberta assunse la direzione di un asilo a Madrid, dando origine a un ramo autonomo della congregazione: il cardinale arcivescovo di ToledoCirilo de Alameda y Brea, francescano osservante, mutò il loro nome, diede loro un nuovo abito e approvò la congregazione delle francescane della Madre del Divin Pastore il 16 gennaio 1872.[2]
Le Francescane Missionarie della Madre del Divin Pastore si dedicano prevalentemente all'istruzione ed educazione cristiana della gioventù: gestiscono anche ospedali e ricoveri per anziani, operano come infermiere negli ospedali e cooperano nella pastorale parrocchiale.