La fauna del Madagascar ha avuto una storia evolutiva estremamente peculiare, che la rende assai diversa dalla fauna continentale africana e da quella di altre isole dell'Oceano Indiano. Sono numerosissime le specie endemiche, fra cui spiccano un centinaio di specie di lemuri, oltre 260 specie di rane, numerose specie di camaleonti, tartarughe, uccelli e farfalle. Sull'isola si trova un unico grande predatore, il fossa, un carnivoro che secondo gli studiosi può definirsi un fossile vivente. Anche le acque intorno all'isola ospitano una grande varietà di vita; numerose sono, tra l'altro, le specie di squali e balene.
I lemuri del Madagascar esibiscono una notevole varietà di dimensioni, abitudini e aspetto. La specie più nota, ampiamente diffusa nel sud, è il lemure dalla coda ad anelli (Lemur catta), dalle proporzioni simili a quelle di un gatto, e piuttosto socievole nei confronti degli esseri umani; vive in branchi numerosi con organizzazione matriarcale. Molto popolari sono anche le nove specie di sifaka (Propithecus diadema, Propithecus candidus, Propithecus edwardsi, Propithecus perrieri, Propithecus tattersalli, Propithecus verreauxi, Propithecus coquereli e Propithecus deckenii). Di dimensioni leggermente più grandi di quelle dei catta, e un po' più simili a orsetti, i sifaka sono noti soprattutto per la loro "danza", ovvero per la curiosa andatura che adottano per spostarsi al suolo, riproducendo a terra l'atto di saltare di ramo in ramo. I lemuri più diffusi sono i lemuri marroni (Eulemur fulvus), di colore bruno, presenti in quasi tutte le zone dell'isola. Il lemure macaco (Eulemur macaco) è presente solo sull'isola di Nosy Be e sul vicino isolotto di Nosy Komba, divenuto quasi domestico a causa dei frequentissimi rapporti con i turisti. I più grandi sono gli indri (Indri indri), che possono raggiungere venti chili di peso e assomigliano a piccoli orsi o bradipi; sono presenti in gran numero nella riserva di Périnet, nei pressi di Antananarivo. I più piccoli sono i lemuri topo (Microcebus myoxinus), lemuri notturni che possono stare comodamente in una tazzina da tè. Fra i lemuri notturni si deve anche citare l'aye aye (Daubentonia madagascariensis), simile a un pipistrello senza ali e ritenuto dalla popolazione locale messaggero di malaugurio. Di alcune specie di lemuri notturni si sa molto poco: per esempio, esemplari di cheirogaleo dalle orecchie pelose (Allocebus trichotis) sono stati catturati solo in due occasioni, nel 1965 e nel 1989.
In Madagascar si trovano diverse specie endemiche di tenrecidi, piccoli mammiferi simili a porcospini e imparentati con le talpe. La specie principale è il Tenrec ecaudatus, originario del Madagascar e importato dall'uomo anche nelle isole Mascarene e nelle Comore. È un animale notturno, di una trentina di centimetri di lunghezza, e apprezzato dalle popolazioni locali per il sapore della sua carne. Altri tenrec malgasci sono lo Hemicentetes semispinosus, lo Hemicentetes nigriceps e l'Echinops telfairi.
Il Cryptoprocta ferox, o fossa, è il principale carnivoro dell'isola. Assomiglia a un piccolo puma, al punto che era stato inizialmente classificato come felino, ma in realtà è più affine alla mangusta. Arriva a misurare un metro e mezzo di lunghezza e pesare una decina di chili. Ha un comportamento simile a quello delle volpi: nelle zone abitate dall'uomo, spesso si nutre compiendo razzie nei pollai.
Altri carnivori
Simili al fossa, ma di più piccola taglia, sono la civetta malgascia (Fossa fossana) e il falanouc (Eupleres goudotii). Altri piccoli carnivori comprendono diverse specie di manguste della famiglia degli Herpestidae. La specie più elusiva è la mangusta di Grandidier (Galidictis grandidieri), di cui sono stati osservati solo due esemplari, entrambi catturati prima del 1930. La mangusta dalla coda cerchiata (Galidia elegans), una delle specie più affascinanti, è invece piuttosto comune nel Parco nazionale della Montagna d'Ambra.
Mammiferi introdotti
Il più grande mammifero terrestre dell'isola è indubbiamente il potamochero, che si sospetta essere stato introdotto sulla costa occidentale dalle prime tribù arrivate dall'Africa. Alcuni scienziati però ritengono che questa specie sia arrivata in Madagascar attraversando il Canale di Mozambico su letti di papiro galleggianti. In ogni caso è ormai presente in tutta l'isola con popolazioni piuttosto numerose nonostante venga cacciato in molte località del Madagascar.
Un altro mammifero introdotto dall'uomo è la piccola civetta indiana, portata dai colonizzatori provenienti dall'Asia e abbondantemente diffusa in tutta l'isola eccezion fatta per l'interno delle foreste più fitte.
In ogni caso il Madagascar fino ad ora non ha sofferto introduzioni di massa da parte dell'uomo, a differenza di altri ecosistemi unici quali Australia, Nuova Zelanda o Hawaii; sono comunque presenti cani e gatti rinselvatichiti, piccole popolazioni di zebù a loro volta rinselvatichite e gli immancabili commensali dell'uomo, vale a dire ratti e topi, presenti ormai in tutto il Madagascar.
Almeno 17 specie di lemuri si sono estinte dopo l'arrivo dell'uomo; tutte quelle note erano di dimensioni più grandi dei lemuri attuali, e vengono talvolta indicate collettivamente come "lemuri giganti". Il più noto lemure gigante era l'aye-aye gigante, cinque volte più grande dei lemuri attuali. I Megaladapis, di cui esistevano tre specie, avevano le dimensioni di un orango. I lemuri bradipi erano straordinariamente simile ai bradipisudamericani; fra questi, il Palaeopropithecus aveva le dimensioni di uno scimpanzé, mentre l'Archaeoindris, il più grande mammifero malgascio noto, raggiungeva il peso di un gorilla.
Anche il fossa aveva un parente gigante, ora estinto, il Cryptoprocta spelea, delle dimensioni di una tigre.
Altre specie malgasce estinte includono l'ippopotamo pigmeo della specie Choeropsis madagascariensis e tre specie di uccello elefante, tra cui l'Aepyornis maximus, di altezza superiore ai 3 metri e del peso di mezza tonnellata (secondo alcuni, a questi giganteschi uccelli malgasci potrebbe essere collegato il mito del Roc).
Il Madagascar presenta due peculiarità rispetto alla popolazione di anfibi: sono infatti presenti solorane, e queste (oltre 350 specie) sono tutte endemiche (tranne 2).
Appartengono a cinque diverse famiglie: Hyperoliidae, Mantellidae, Microhylidae, Dicroglossidae e Ptychadenidae. Le specie minacciate di estinzione sono 76, di cui 17 in pericolo critico.
Come i camaleonti, le rane malgasce si distinguono per i colori brillanti di tutte le tonalità (verde, rosso, giallo, arancione, grigio, marrone, ruggine, nero). La più popolare è probabilmente la rana pomodoro (Dyscophus antongilii). Molto bella a vedersi, ma velenosissima, è la Mantella aurantiaca, facilmente avvistabile nella riserva di Périnet. Merita infine un cenno la Stumpffia pygmaea, endemica di Nosy Be, che con una lunghezza di 10–12 mm ed un peso di appena 0,2 g è una delle rane più piccole del mondo[3].
In Madagascar si trovano 103 specie di gechi (famiglia Gekkonidae) molte delle quali si distinguono per le notevoli dimensioni[6]. Fra gli altri si possono citare i gechi dalla coda piatta (Uroplatus spp.), i gechi vellutati (Blaesodactylus spp.) e i gechi diurni del genere Phelsuma, dal colore verde sgargiante.
Coccodrilli
L'unica specie presente è il coccodrillo del Nilo (Crocodylus niloticus), che i malgasci chiamano voay. Un tempo molto diffuso nelle acque dolci dell'entroterra, è stato oggetto dello sterminio da parte dell'uomo a partire dal XVII secolo. A partire dal 1920 le istituzioni hanno iniziato a proteggerli; per le popolazioni locali sono fady.
Serpenti
I serpenti malgasci sono principalmente lamprofidi (81 specie), tiflopidi (12 specie) o boa (4 specie). Il boa del Madagascar (Acrantophis dumerili) può raggiungere i quattro metri di lunghezza. Non mancano i serpenti velenosi; tuttavia, la posizione arretrata dei denti da veleno li rende innocui per l'essere umano.
In Madagascar si contano una decina di specie fra tartarughe di terra, d'acqua dolce e marine. Alcune di esse sono in pericolo, soprattutto per via del commercio delle loro carni fra il XVII e XIX secolo; fra queste la Astrochelys yniphora, una tartaruga di terra di circa 70 cm di lunghezza (la cui carne veniva esportata verso le Comore) e la Astrochelys radiata (esportata verso Riunione e Mauritius).
Si contano 380 specie di molluschi terrestri (di cui 361 endemiche), 29 specie di acqua dolce (che includono due generi interamente endemici) e oltre 1000 specie di molluschi marini. Fra le conchiglie più notevoli si deve citare quella della Charonia tritonis, talmente grande da poter essere trasformata in un rumoroso corno da battaglia. Le specie marine contano numerose varietà di ostriche, tra cui la Crassostea cucullata e la Crassostea margaritacea.
In Madagascar sono state catalogate oltre 300 specie di farfalle, appartenenti a 80 generi; di questi, 233 specie e 17 generi sono endemici[senza fonte]. La farfalla più celebre è la Atrophaneura antennor, con una apertura alare di 13 cm e colori sgargianti. Molte specie, soprattutto nel genere Charaxes, hanno le ali dotate di lunghe code; fra le più spettacolari farfalle notturne c'è la Argema mittrei, detta "falena cometa". Le falene vere e proprie sono considerate fady, protette dagli spiriti dei morti. Fra le altre numerose specie di insetti si contano mantidi, insetti stecco e lo scarabeo giraffa (così chiamato per via del lungo collo dei maschi).
In Madagascar si trovano molte specie di aracnidi; alcune specie di ragni e di scorpioni sono velenose e possono rappresentare un pericolo per l'uomo. Tra i ragni meritano un cenno Gasteracantha versicolor o "ragno spinoso", dotato di inquietanti aculei e Caerostris darwini, una specie in grado di tessere ragnatele talmente grandi e resistenti da estendersi da una riva all'altra di un fiume.[7].