Le più antiche attestazioni storiche della chiesa di San Lazzaro risalgono al 1310,[1] anno in cui l'edificio religioso risultava già essere annesso allo spedaledi San Lazzaro de' lebbrosi, a sua volta costruito nell'ultimo decennio[2] del XII secolo[1][3]. Localizzato nei pressi di un varco che, nella cosiddetta Murata[4], permetteva il controllo dei traffici provenienti a Como da sud, tutto il complesso di San Lazzaro costituiva un luogo di quarantena per i forestieri intenzionati a fare il loro ingresso in città[5][6].
La chiesa si presentava originariamente come un edificio a pianta trapezoidale, suddiviso su due piani[1][7] e dotato di campanile.[5] Internamente, le aree presbiteriali vennero decorate con affreschi tardotrecenteschi, raffiguranti, tra gli vari soggetti, il profeta Geremia e una scena dell'Annunciazione[1]. All'esterno, sopra al portale della chiesa,[3] un affresco tardoquattrocentesco raffigurante una danza macabra[3][5][8] ricordava come il luogo fosse stato spesso utilizzato come lazzaretto per appestati[1][3] e lebbrosi[2][3][5].
Oggetto di rimaneggiamenti operati nei decenni di transizione tra i secoli XVI e XVII,[1][9] la chiesa venne definitivamente sconsacrata nel 1779[10][3][5].
A seguito della sconsacrazione, la struttura venne dapprima utilizzata per finalità abitative e di deposito,[10][3] per poi andare incontro a un progressivo processo di degrado[11] che, nel 2003, comportò il crollo del tetto[1]. L'affresco della danza macabra, irrimediabilmente scomparso dalle pareti nel corso dell'Ottocento,[12] fu salvato dall'oblio grazie all'esecuzione, nel 1828,[3][5] di una copia conservata presso la pinacoteca di Palazzo Volpi[12].
