La compagnia aerea venne fondata il 9 febbraio 2000 e iniziò le operazioni il 2 novembre 2000 con servizi di trasporto merci nazionale, ai quali ha aggiunto servizi internazionali nel gennaio 2002.[2] È interamente di proprietà del Gruppo Estafeta ed aveva 174 dipendenti a marzo 2007.[3]
Flotta
Flotta attuale
A maggio 2023 la flotta di Estafeta Carga Aérea è così composta[4]: