Sebastiano I del Portogallo nutriva una certa ostilità nei confronti di Edoardo e più volte gli mancò di rispetto. Quando il re non lo invitò ad una corrida reale a Lisbona, Edoardo ne rimase così rammaricato che decise di ritirarsi a Évora. Lì alcuni mesi dopo morì, venendo sepolto nel locale Colégio da Companhia de Jesus.
Edoardo non si sposò né ebbe figli. Le sue sorelle maggiori Maria d'Aviz e Caterina di Guimarães sposarono tuttavia importanti personaggi politici: la prima fu la consorte di Alessandro Farnese, condottiero e duca di Parma e Piacenza; la seconda sposò Giovanni I di Braganza, da cui si sarebbe originata la dinastia che avrebbe regnato il Portogallo dopo la fine dell'Unione iberica e la Restaurazione del 1640.
