Farrugia debutta alla regia con il film del 1996 Delphine 1 – Yvan 0.[1] Seguono Trafic d'influence (1999), La stratégie de l'échec (2001) e L'amore per caso (2010). Nel 2015 dirige la commedia Bis, con Franck Dubosc.[1] Nel 2017, Farrugia dirige il film Separati ma non troppo (Sous le même toit) con Gilles Lellouche e Louise Bourgoin, che gli è valso il Premio Speciale della Giuria all'Alpe d'Huez Film Festival.[1]