Il club è stato fondato il 28 maggio 2013 in seguito allo scioglimento del San Luis Fútbol Club.
Il 16 marzo 2017 l'Atlético Madrid annuncia di essere proprietaria del 50% del club di San Luis insieme ad altri soci minoritari.[2] Lo scopo è quello di portare la propria filosofia di gioco a San Luis affinché il club possa competere per la promozione nel campionato Ascenso MX. Alcuni giocatori dell'Atlético Madrid B sono impegnati con la squadra.[3] Nel 2018 vince il trofeo di Apertura della Liga de Ascenso de México. Nel 2019 esordisce in Primera División de México.