Nonostante la più antiche vestigia della chiesa risalgano al IX secolo, l'edificio venne menzionato per la prima volta nel 1078 quando il paese venne citato nel testamento della contessa Grassa, nobildonna milanese proprietaria di queste terre, che con quell'atto consegnò parte dei propri terreni e dei diritti sui pascoli alpini locali agli abitanti per farsi perdonare del delitto compiuto dai suoi figli che avevano ucciso a tradimento il prevosto della chiesa di Santo Stefano per delle contese insorte. La stessa contessa volle essere sepolta a Tesserete, proprio accanto alla canonica, dove ancora oggi si trova la sua tomba.
Sin dal XIII secolo fu la chiesa di riferimento della pieve della Val Capriasca.
Edificio da principio in pieno stile romanico, fu modificato profondamente nel corso dei secoli: nel 1445 la chiesa fu radicalmente rimaneggiata, assumendo l'aspetto che per larghe linee conserva tuttora, e nel XVI secolo subì l'aggiunta delle volte e degli archi trasversali. Un'ulteriore trasformazione risale agli anni fra il 1762 e il 1772, quando alla struttura furono aggiunti abside e presbiterio.
Carlo Cairati, Tesserete (Capriasca). Santo Stefano, in Giovanni Agosti, Jacopo Stoppa, Marco Tanzi (a cura di), «Il Rinascimento nelle terre ticinesi. Da Bramantino a Bernardino Luini. Itinerari», Officina Libraria, Milano 2010.