Nel luogo dove è situata la chiesa si trovava un'antica cappella dedicata all'Immacolata Concezione.[1] Nel 1522 fu costruito il convento dove si stabilirono i frati domenicani; intanto, nel 1527, fu costruita la chiesa.
Nel 1747 fu sepolto in questa chiesa il famoso corsaro Amaro Rodriguez Felipe, più comunemente noto come Amaro Pargo. Egli fu mecenate di questo tempio al quale donò numerose opere d'arte, come il trono d'argento del Señor Difunto. La sua lapide di marmo si trova proprio all'ingresso della chiesa e riporta, oltre allo stemma di famiglia, il simbolo di pirata: un teschio con ossa incrociate.
In questa chiesa, inoltre, si trova il fonte battesimale dove fu battezzato San José de Anchieta, che fu battezzato nella parroquia de los Remedios (ora cattedrale della diocesi) dove si trovava il fonte battesimale. José de Anchieta fu fondatore della città di San Paolo e fu uno dei fondatori di Rio de Janeiro.
Tutte le pareti del tempio sono coperte da affreschi e dipinti murali di Mariano de Cossío (1880-1960). Questi quadri rappresentano temi religiosi e il trionfo della battaglia di Lepanto.
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