Nella seconda metà del XVI secolo la chiesa venne ricostruita; nel 1567 i lavori risultavano ancora in corso, con il tetto ancora mancante, mentre l'opera fu terminata nel 1579 e nell'agosto 1584 l'arcivescovo Carlo Borromeo impartì la consacrazione[4].
Nel 1678 fu ultimato il campanile e 1720 si procedette alla realizzazione della nuova sagrestia e all'ampliamento del coro[1][4]; nel 1752, l'arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli, durante la sua visita pastorale, trovò che i fedeli ammontavano a 346 e che la parrocchiale aveva come filiale l'oratorio della Beata Vergine Maria[3].
Grazie alla relazione della visita pastorale del 1898 dell'arcivescovo Andrea Carlo Ferrari si conosce che all'epoca che il numero dei fedeli era pari a 780 e che la parrocchiale di San Clemente, da cui dipendevano gli oratori dell'Immacolata e San Giuseppe e della Madonna della Neve in Tassera, era sede della confraternita del Santissimo Sacramento[3].
Nel 1969 la parrocchia passò del soppresso vicariato di Alzate Brianza al vicariato di Incino, per poi confluire tra il 1971 e il 1972, con la riorganizzazione territoriale dell'arcidiocesi voluta dal cardinale Giovanni Colombo, nel decanato di Erba[3].
La facciata a capanna della chiesa, rivolta a oriente, è tripartita da quattro lesenetuscaniche, poggianti su basamenti e sorreggenti la trabeazione e il frontonemodanato; nel mezzo, preceduto da una breve scalinata, è collocato il portale d'ingresso, sormontato da un coronamento mistilineo e da una finestra quadrilobata[1].
Annesso alla parrocchiale è il campanile a pianta quadrata, suddiviso da cornici marcapiano in più registri; la cella presenta su ogni lato una monofora protetta da balaustra ed è coronata dalla cupola poggiante sul tamburo a base ottagonale[1].
Interno
L'interno dell'edificio si compone di un'unica navata, sulla quale si affacciano le cappelle laterali introdotte da archi a tutto sesto e le cui pareti sono scandite da lesene sorreggenti la trabeazionemodanata e aggettante sopra la quale si imposta la volta a vela; al termine dell'aula si sviluppa il presbiterio, rialzato di alcuni gradini e chiuso dall'abside di forma poligonale[1].