Il nome del gruppo è stato ufficializzato solamente nel 1992, ma già due anni prima i fondatori Chorão (9 aprile 1970 – 6 marzo 2013) e Champignon (16 giugno 1978 – 9 settembre 2013) erano conosciuti come i What's Up e componevano testi in lingua inglese.[3] Scegliere un nome non è stato difficile: "Charlie Brown" non è solo un personaggio dei Peanuts, ma anche un chiosco su cui è andato a scontrarsi Chorão nel corso di un incidente d'auto. Il suffisso "Jr." è stato aggiunto per sottolineare quanto i membri del gruppo si ritenessero "figli" del rock brasiliano.[2]
Il brano più significativo della band è probabilmente Dias de luta, dias de glória, uscito nel 2006 e pubblicato come singolo anche nel 2012 in versione dal vivo.[4]
Il 6 marzo 2013 Chorao viene trovato morto nel suo appartamento;[5] il gruppo si scioglie definitivamente quando anche Champignon, distrutto dal dolore, si toglie la vita il 9 settembre dello stesso anno.[6]
Il 29 marzo 2015 è andato in scena Dias de luta, dias de glória - Charlie Brown Jr., il musical, uno spettacolo commemorativo che ripercorre la carriera del gruppo.[7]
