In principio gli Harkonnen erano un casato in ottime relazioni con quello Atreides, ma la svolta avvenne durante la Jihad Butleriana, quando il barone Abulurd Harkonnen si rifiutò di obbedire ad un ordine del suo diretto superiore, Vorian Atreides, che gli ordinava di sparare su un migliaio di civili che erano completamente schiavizzati dalle macchine.
Da allora inizia la kanly, la faida tra i due casati, e gli Harkonnen furono esiliati sul mondo glaciale di Lankiveil, dove si ricostruirono lentamente una posizione speculando sul commercio di pelli di balena glaciale.
Gli Harkonnen all'epoca degli eventi narrati in Dune sono un popolo feroce e violento, originari del pianeta vulcanico Giedi Primo. Sono inoltre ancora nemici giurati dei pacifici Atreides. Durante gli eventi narrati nel libro Dune, il loro leader è il barone Vladimir Harkonnen, affiancato dai nipoti Feyd-Rautha e Rabban.
Insieme all'imperatore, organizzano un piano per sterminare la Casata Atreides che stava diventando troppo potente, ma alla fine verranno battuti dai Fremen, indigeni del pianeta Arrakis, guidati da Paul Atreides, figlio del vecchio leader duca Leto.
Nei videogiochi della Westwood Studios tratti dai romanzi del ciclo, il colore delle loro truppe è il rosso, in contrasto con il blu degli Atreides e il verde degli Ordos.
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