La cronometro maschile junior dei Campionati del mondo di ciclismo su strada 2021 si svolse il 21 settembre 2021 su un percorso di 22,3 km, con partenza da Knokke-Heist e arrivo a Bruges nelle Fiandre in Belgio. La medaglia d'oro è stata vinta dal danese Gustav Wang con il tempo di 25'37"42 alla media di 52,217km/h, argento al britannico Joshua Tarling e bronzo per il belga Alec Segaert.
Dei 79 ciclisti accreditati alla partenza, 77 sono giunti all'arrivo, uno si è ritirato e uno è stato squalificato.