La cronometro maschile Junior dei Campionati del mondo di ciclismo su strada 2013 fu corsa il 24 settembre 2013 in Italia, a Firenze, su un percorso totale di 21,8 km. Il belgaIgor Decraene vinse la gara con il tempo di 26'56"83 alla media di 48,539 km/h.
Alla partenza erano accreditati 85 ciclisti, dei quali 84 partirono ed arrivarono al traguardo.