La cronometro maschile Under-23 dei Campionati del mondo di ciclismo su strada 2016 fu corsa il 10 ottobre in Qatar, con partenza ed arrivo da Doha, su un percorso totale di 28,9 km. Il tedescoMarco Mathis vinse la gara con il tempo di 34'08"09 alla media di 50,799 km/h, argento al tedesco Maximilian Schachmann e a completare il podio l'australiano Miles Scotson.