La cronometro individuale femminile Elite dei Campionati del mondo di ciclismo su strada 2006 venne corsa il 20 settembre 2006 nel territorio circostante Salisburgo, in Austria, per un percorso totale di 26,9 km. La statunitense Kristin Armstrong vinse la medaglia d'oro terminando in 35'04"89.
Percorso
Le gare a cronometro prendevano il via dalla periferia settentrionale di Salisburgo. Dopo la partenza sulle rive della Salzach, lungo l'Elisabethkai,, nel punto più alto di tutto il tracciato, 575 m s.l.m., il percorso portava i partecipanti verso gli abitati di Hallwang ed Elixhausen, e quindi più a nord verso Obertrum. Il tracciato della gara femminile Elite, a metà strada tra Elixhausen e Obertrum, volgeva nuovamente verso Salisburgo. Il traguardo era posto in Mirabellplatz.
La crono vide al via 38 cicliste delle 39 iscritte, con la messicana Giuseppina Grassi assente al via. La ceca Lada Kozlikova mantenne a lungo la leadership provvisoria con un tempo di 36'10", fino a che fu superata dalla svizzera Priska Doppmann, al traguardo con una decina di secondi in meno (35'59"), che a sua volta fu subito battuta dalla statunitense Christine Thorburn (35'33").