La CAF Champions League 2006 venne vinta dall'Al-Ahly.
Wallidan, CIVO United e El Ahmedi ritirate. CAPS squalificato.
CAPS United squalificato dopo andata per aver inviato false informazioni su 2 giocatori Malawiani che non potevano essere schierati in campo nella gara contro l'InterStar; l'InterStar venne riammesso. La gara di ritorno Hearts of Oak v Saint-George SA venne abbandonata sul 2-0 quando il Saint-George si ritirò dal campo in segno di protesta per l'arbitraggio a loro sfavorevole. Hearts of Oak passò il turno.
29 settembre-1º ottobre e 14-15 ottobre.
29 ottobre e 11 novembre.
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