Il 28 settembre 1620 e il 15 dicembre 1777 cedette porzioni del suo territorio a vantaggio dell'erezione rispettivamente della diocesi di Durango (oggi arcidiocesi) e della diocesi di Linares o Nuovo León (oggi arcidiocesi di Monterrey).
Il seminario diocesano fu fondato dal vescovo Felipe Galindo Chávez y Pineda il 9 settembre 1696 e rinnovato agli inizi dell'Ottocento.[10]
Il 5 luglio 1957, con la lettera apostolicaAd peculiari studio, papa Pio XII ha proclamato la Beata Maria Vergine, venerata con il titolo di Virgen de San Juan de los Lagos, patrona principale dell'arcidiocesi.[12]
Il 18 ottobre 1988, con la lettera apostolica Antiquis a temporibus, papa Giovanni Paolo II ha confermato la Beata Maria Vergine, nota con il nome di Nuestra Señora de Zapopan, patrona dell'arcidiocesi.[13]
Il 24 maggio 1993 fu assassinato l'arcivescovo cardinale Juan Jesús Posadas Ocampo. Nel parcheggio del Guadalajara International Airport: la sua automobile fu crivellata con 14 colpi di pistola. Si scoprì in seguito che i mandanti dell'omicidio erano Juan Francisco Murillo Díaz detto "El Güero Jaibo" e Édgar Nicolás Villegas detto "El Negro", membri di spicco del Cartello di Tijuana, che avevano ordinato l'omicidio del cardinale per la sua inesausta lotta contro il narcotraffico. Posadas Ocampo è stato inserito da papa Giovanni Paolo II nella lunga lista dei martiri del XX secolo.
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
Pedro Gómez Malaver (Maraver) † (13 luglio 1548 - 28 dicembre 1551 deceduto)
Sede vacante (1551-1555)
Pedro de Ayala, O.F.M. † (18 dicembre 1555 - 19 settembre 1569 deceduto)
Sede vacante (1569-1574)
Francisco Gómez de Mendiola y Solórzano † (19 aprile 1574 - 24 aprile 1576 deceduto)
Sede vacante (1576-1582)
Domingo de Alzola. O.P. † (1º ottobre 1582 - 15 febbraio 1590 deceduto)
Pedro Suárez de Escobar, O.S.A. † (1591 - ? deceduto) (vescovo eletto)[14]
Francisco Santos García de Ontiveros y Martínez † (22 maggio 1592 - 28 giugno 1596 deceduto)
Alfonso de la Mota y Escobar † (11 marzo 1598 - 12 febbraio 1607 nominato vescovo di Tlaxcala)
Juan de Valle y Arredondo, O.S.B. † (19 marzo 1607 - 1617 dimesso)
Francisco de Rivera y Pareja, O. de M. † (29 gennaio 1618 - 17 settembre 1629 nominato vescovo di Michoacán)
Leonel de Cervantes y Caravajal † (17 dicembre 1629 - 18 febbraio 1636 nominato vescovo di Antequera)
Juan Sánchez Duque de Estrada † (21 luglio 1636 - 12 novembre 1641 nominato vescovo di Trujillo)
Sede vacante (1641-1646)
Juan Ruiz de Colmenero † (25 giugno 1646 - 28 settembre 1663 deceduto)
Francisco Verdín y Molina † (6 luglio 1665 - 27 novembre 1673 nominato vescovo di Michoacán)
Santi Cristóbal Magallanes Jara e 23 compagni († 1916-37), laici e sacerdoti della diocesi, martiri delle persecuzioni durante la rivoluzione messicana;
^Vergara Cordia, Datos y fuentes para el estudio de los seminarios conciliares en Hispanoamérica, pp. 277-278.
^Testo latino-spagnolo della bolla in: López, Centenario de la Arquidiócesis de Guadalajara..., pp. 83-89. La datazione della bolla, nella traduzione in spagnolo (26 febbraio 1862), è palesemente errata.
^Vescovo menzionato da Gams; morì prima di ricevere la consacrazione episcopale.
^La Santa Sede lo nominò vescovo di Guadalajara, ignorando il fatto che era già deceduto cinque mesi prima.
^A causa della sua età avanzata, chiese ed ottenne di rinunciare alla sede di Guadalajara e di ritornare alla sua precedente diocesi di Santiago di Guatemala, dove fu nuovamente nominato il 20 febbraio 1726.
^Vicario apostolico dal 19 ottobre 1830. Cfr. Eubel, vol. 7, pp. 62, 207.
