Fu a capo di una fiorente bottega di decoratori di cassoni, il cui libro mastro per gli anni 1446 - 1463 ha consentito di riunire sotto il nome dell'artista una serie di opere riferite altrimenti al Maestro dei cassoni Jarves, al Maestro del Virgilio, al Maestro di Didone, al Compagno di Pesellino.
Fra le sue opere tarde, eseguite nei quindici anni prima della morte, vanno ricordate le miniature per le Bucoliche, le Georgiche e l'Eneide di Virgilio (Firenze, Biblioteca Riccardiana, ms 492); i pannelli di cassoni con scene dall'Eneide (già Jarves Collection, ora New Haven); i due cassoni dell'Odissea (uno al Chicago Art Institute, l'altro suddiviso tra Pittsburgh, Pennsylvania, Frick Art & Historical Center, Cambridge Mass., Fogg Museum). Una delle sue opere è presente anche presso l'Indiana University Art Museum di Bloomington, in Indiana.
Assai importante per la ricostruzione della figura artistica di Apollonio è il cassone con l'Invasione della Grecia da parte di Serse (Berlino,am), compiuto tra il 1463 e il 1465, dove l'artista si mostra consapevole dell'opera di Benozzo Gozzoli.