Nel 1291 la diocesi era costituita da due arcidiaconati, suddivisi in decanati, per un totale di circa 120 parrocchie, all'incirca lo stesso numero di parrocchie censite nel 1535:
Dalla diocesi dipendevano inoltre delle regioni dotate di privilegi, conosciute con il nome di peculiars, esenti dalla giurisdizione ecclesiastica e sottomesse per la maggior parte al capitolo della cattedrale, e costituite da due enclavi nell'arcidiocesi di York e da una nell'arcidiocesi di Saint Andrews in Scozia.
L'abbazia venne fondata nel 634 da sant'Aidan, monaco del monastero scozzese di Jona, che re Osvaldo chiamò nel regno di Northumbria a risollevare le sorti del cristianesimo nelle sue terre dopo la morte del re Edvino. L'abbazia di Lindisfarne divenne così uno dei più importanti centri monastici del nord dell'Inghilterra e insieme punto di partenza dell'apostolato missionario di sant'Aidan.
La diocesi abbaziale seguiva i riti e le usanze del cristianesimo celtico (irlandese) in una terra dove coesistevano anche influssi romano-continentali. Questo comportava, per esempio, che il re Osviu celebrasse la Pasqua secondo il calendario irlandese, mentre la regina, educata nel Kent, la celebrasse secondo quello romano.
Per questo motivo fu celebrato un sinodo a Whitby nel 664 per porre rimedio a questi inconvenienti. Vinse la linea romana: la diocesi abbaziale di Lindisfarne fu soppressa e il suo territorio unito a quello di York. L'abate-vescovo san Colman abbandonò allora la Northumbria.
Nel 681 fu restaurata la diocesi di Lindisfarne, con territorio ricavato da quello della diocesi di Hexham, eretta tre anni prima sul territorio dell'antica sede abbaziale. Grande figura di vescovo e di santo fu quella di Cuthbert, che governò la diocesi dal 685 al 687.
Nel 793 un gruppo di pirati danesi saccheggiò il monastero. Le devastanti incursioni dei Vichinghi danesi nella metà del IX secolo causarono la scomparsa della diocesi di Hexham, il cui territorio passò a Lindisfarne dopo l'821. Nell'865 i Vichinghi si impossessarono di tutto il nord e l'est dell'Inghilterra, facendo sparire per un certo periodo l'organizzazione politica ed ecclesiastica della regione.
Lindisfarne ormai non era più un luogo sicuro. Nell'875 la comunità, composta da pochi monaci e da preti secolari, lasciò l'isola portando con sé le reliquie di san Cuthbert. Dopo otto anni di peregrinazione nella Northumbria, nell'883 si stabilirono a Chester-le-Street, a qualche chilometro a nord di Durham. Il re cristiano di York, Guthred o Guthfrith, dotò la diocesi di nuove terre e la gratificò con privilegi. Ancora maggiore di quanto già non lo fosse divenne il culto e la devozione verso san Cuthbert; nel 934 altre donazioni furono concesse alla comunità di san Cuthbert dal re Athelstan, il quale dotò la biblioteca vescovile di importanti codici, tra cui quello che contiene la vita in poesia e in prosa di san Cuthbert scritta da Beda il Venerabile.
Durham
Nel 995 il vescovo Aldhun, temendo nuove incursioni dei Danesi, decise di spostare le sacre spoglie di Cuthbert verso sud. Secondo la tradizione, il carro che trasportava i suoi resti si arrestò improvvisamente e non ci fu più modo di farlo avanzare; la località, Durham, che allora era un oscuro villaggio di campagna, divenne la sede definitiva delle reliquie del santo e del vescovo. Nel 998 o 999 fu consacrata la prima cattedrale. La diocesi faceva parte della provincia ecclesiastica dell'arcidiocesi di York.
L'ultimo vescovo anglosassone, Aethelwine, all'arrivo di Guglielmo il Conquistatore fuggì verso il nord con le reliquie di san Cuthbert; fu deposto nel 1071 e a lui succedettero tre vescovi stranieri, imposti dai nuovi padroni dell'Inghilterra: Guillaume Walcher di Liegi fu investito anche del potere civile, ma fu assassinato nel 1080; Guillaume de Saint Calais iniziò la ricostruzione della cattedrale nel 1083 e favorì la nascita di un capitolo monastico in sostituzione di quello secolare; Ranulf Flambard, definito da sant'Anselmopublicanorum princeps infamissimus, subì la prigione e l'esilio.
La cattedrale, iniziata nel 1093, fu ultimata nelle sue linee essenziali nel 1133. La seconda parte del XII secolo è dominata dalla figura del vescovo Ugo Puiset, politico e letterato. Nel XIII secoloRichard Poore si impegnò ad introdurre e a far applicare i decreti del concilio lateranense del 1215: a lui si devono i primi statuti diocesani.
Il 1º o l'11 aprile 1132 Durham cedette una porzione di territorio a vantaggio dell'erezione della diocesi di Carlisle.
Nel Medioevo i vescovi detenevano un potere politico, al pari di quello regale, sul Principato o Palatinato di Durham (County Palatine of Durham), che non corrispondeva però con il territorio della diocesi, bensì con un territorio molto più ridotto, a nord e a sud della diocesi. Incerta è l'origine di questo privilegio, che sopravvisse alla Riforma e fu definitivamente smantellato solo nel XIX secolo. Sul territorio del Principato i vescovi esercitavano la triplice regalia in imperio (governo civile), in dominio (diritti feudali) e in jurisdictione (amministrazione della giustizia).
L'ultimo vescovo in comunione con la Santa Sede, Cuthbert Tunstall, fu deposto il 14 ottobre 1552 ed in seguito restaurato da Maria la Cattolica nel 1554. Deposto nuovamente dalla regina Elisabetta nel 1559, morì lo stesso anno nel palazzo di Lambeth. Già nel 1540 il capitolo monastico fu soppresso e sostituito da uno secolare.
