Cresciuto nel Deportes Quindío, nel 2011 si trasferisce all'Once Caldas, società con la quale sfiora il titolo colombiano di Clausura 2011, perdendo nella doppia finale contro lo Junior ai rigori (4-4): Mejía salta la sfida di ritorno, dopo essere stato espulso all'andata. Passato al Nacional nell'anno seguente, vince due Coppe nazionali, il titolo di Apertura e quello di Clausura 2012.
Nazionale
Esordisce con la Colombia il 3 giugno 2012 nella partita valida per le qualificazioni ai Mondiali 2014 contro il Perù (0-1).
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