Nata a Vancouver, ha vissuto anche nelle vicinanze di Ottawa.
All'età di 13 anni, la Huffman ha partecipato alla sua prima audizione per Fox Family Channel e, nonostante la concorrenza, è stata scelta per il ruolo principale. Poi è stata scoperta dalla moda e ha sfilato nelle passerelle di alta moda in Europa e Giappone per gli anni successivi.
Quando i suoi genitori si sono trasferiti a Dallas si è iscritta al college e ha abbandonato il lavoro di modella. Durante il periodo degli studi ha recitato in alcuni film indipendenti, quindi si è trasferita a Los Angeles dove è diventata un'attrice televisiva.
Alaina ha avuto tre figli con il marito John Huffman: un figlio, Elijah, e due figlie, Hanna e Charley-Jane. Charley-Jane è nata l'8 dicembre 2009. Quest'ultima gravidanza è coincisa con la prima stagione delle riprese di Stargate Universe, motivo per il quale è stata inserita nella trama. Il 16 agosto 2011 ha annunciato su Twitter di aspettare un quarto figlio, nato nel dicembre 2011 e chiamato Lincoln.
Ha divorziato dal marito nel 2016.
