Fece i suoi studi a Chartres, dove ben presto si appassionò allo studio e alla collezione delle farfalle, consigliato da François de Villier. Si trasferì quindi a Parigi per studiare giurisprudenza. Laureato si iscrisse al Foro di Parigi, ma, dopo la morte del suo unico figlio, si ritirò a Châteaudun presso i "Chatellier".
Durante la guerra del 1870, Châteaudun fu data alle fiamme dalle truppe prussiane. Guénée, tuttavia, a guerra finita, ritrovò le sue collezioni intatte.
Pubblicò 63 opere, alcune realizzate in collaborazione con Philogène Duponche (1774-1846).
In collaborazione con Jean Baptiste de Boisduval scrisse anche, dal 1836 al 1857, una
"Storia naturale degli insetti. Specie generali dei Lepidotteri".
Notevoli sono i suoi 6 volumi "Specie notturne", scritti fra il 1852 e il 1857, che facevano parte delle Suites à Buffon. Questo lavoro di circa 1300 pagine tratta di tutte le Noctuidae del mondo.
Partecipò alla fondazione della Società entomologica francese nel 1832 e ne divenne Presidente nel 1848, quindi, nel 1874], membro onorario.
Bibliografia
Edwar Oliver Essig, A History of Enthomology, McMillan, New York, 1931
Jean Gouillard (2004). Histoire des entomologistes français, 1750-1950. Edizione interamente rivista e ampliata. Boubée, Paris, 2004. - ISBN 2-85004-109-2
Jean Lhoste,Les Entomologistes français. 1750-1950. INRA Éditions, 1987.
