La Dinamo Krasnodar viene fondata nel 1946 e prende subito parte al campionato sovietico, ma con scarsi risultati, e negli anni successivi partecipa solamente a tornei locali, tornando a disputare il massimo torneo dell'URSS solamente a partire dalla stagione 1955 per circa un decennio, retrocedendo al termine dell'annata 1966. Dopo aver disputato il campionato cadetto per qualche stagione, il club riesce a tornare nuovamente nella massima divisione sovietica raggiungendo nell'edizione 1971 il miglior risultato della propria storia nel periodo sovietico giungendo sesta in classifica; al termine della stagione 1973 il club però retrocede e dopo un anno si ritira dalle competizioni nazionali per oltre un decennio. Nel 1985 il sodalizio si guadagna il diritto di disputare la seconda serie, dove rimane per quattro stagioni prima di retrocedere nuovamente.
Dopo la dissoluzione dell'Unione Sovietica e la conseguente nascita della Russia, la Dinamo esordisce nel campionato cadetto russo nel 1991 ottenendo la promozione nella massima divisione al termine della stagione 1992-93. Nell'annata 1994-95 arriva il primo trofeo per il club bianco-blu: la Coppa di Russia giunta esattamente un anno dopo la prima finale persa.
Dopo quattro campionati terminati sempre a metà classifica, al termine dell'annata 1997-98 giunge infine la retrocessione in Vysšaja Liga, dove rimane per un decennio giungendo nuovamente in Superliga al termine della stagione 2008-09.
Nella stagione 2012-13 la squadra si aggiudica il primo trofeo europeo, vincendo la Challenge Cup, seguita da un altro successo in campo internazionale con la vittoria della Coppa CEV 2014-15, bissato anche nell'edizione successiva, quando la formazione eguaglia nuovamente il migliore risultato di sempre in Superliga con il terzo posto finale. Negli stessi anni si aggiungono al palmarès della Dinamo anche altre due Coppe di Russia, con due vittorie consecutive ottenute nelle edizioni del 2014 e del 2015.
Nell'annata 2016-17 la società deve affrontare una pesante crisi economica, che coinvolge anche la formazione maschile, che porta le giocatrici a non scendere in campo per la partita di campionato contro la Dinamo-Kazan[1]; ciò non impedisce alla squadra di chiudere la stagione regolare al quarto posto, salvo essere eliminata nei quarti di finale play-off e chiudere al quinto posto finale.
Con il ritiro della squadra maschile dai campionati di vertice per ottimizzare il budget, il club femminile riesce a mantenere la categoria anche nella stagione 2017-18, anche se i risultati sono particolarmente modesti: una sola vittoria in campionato su 18 partite e il decimo e ultimo posto finale in classifica: l'aumento del numero di formazioni in Superliga scongiura tuttavia la retrocessione della squadra che nelle annate successive si piazza stabilmente a metà classifica.