Magnús Stephensen fæddist á Höfðabrekku í Skaftafellssýslu. Hann var af miklum embættismannaættum, faðir hans var Magnús Stephensensýslumaður, afi hans var Stefán Stephensen amtmaður og langafi hans var Ólafur Stephensenstiftamtmaður. Þrettán ára fór hann í Latínuskólann og útskrifaðist þaðan árið 1855. Lagaprófi lauk hann frá Kaupmannahöfn og starfaði um hríð við íslensku stjórnardeildina þar, uns hann var settur dómari árið 1870. Hann gegndi starfi amtmanns frá 1883 og var landshöfðingi frá 1886 til 1904 þegar embættið var aflagt.
Magnús átti sæti á Alþingi frá 1877-85 sem konungskjörinn fulltrúi og aftur frá 1903-07 sem þjóðkjörinn.
Staða Magnúsar Stephensen var um margt flókin sem æðsti embættismaður dönsku stjórnarinnar á Íslandi. Þurfti hann að bera kápuna á báðum öxlum til að viðhalda trausti ráðamanna í Kaupmannahöfn en njóta um leið stuðnings þingheims heima fyrir. Hann var afar aðhaldssamur í efnahagsmálum og bakaði það honum óvinsældir þeirra sem vildu að ráðist yrði í ýmsar opinberar framkvæmdir. Þá urðu svokölluð Skúlamál honum erfið.