José Pérez vakti ungur athygli fyrir knattspyrnuhæfileika sína. Hann fékk viðurnefnið Botija eða flaskan, en það orð var notað um krakka eða börn í tungu Úrúgvæmanna. Fimmtán ára gamall, árið 1913, gekk hann til liðs við knattspyrnufélagið CURCC, sem um svipað leyti breyttist í Peñarol. Sama ár var hann valinn í úrúgvæska landsliðið og þreytti þar frumraun sína 15 ár, sjö mánaða og þrettán daga gamall.
Heimildum ber ekki saman um fjölda landsleikjanna sem hann spilaði, en þeir urðu líklega nærri þrjátíu talsins á árabilinu 1913-20. Á þeim tíma varð Úrúgvæ þrívegis Suður-Ameríkumeistari: 1916, 1917 og 1920. Í síðastnefnda skiptið varð Pérez markakóngur ásamt félaga sínum Ángel Romano með þrjú mörk hvor.
Heima fyrir varð Pérez úrúgvæskur meistari með Peñarol árið 1918, auk þess að vinna ýmis minni mót og bikarkeppnir. Ferillinn varð þó stuttur því í desember 1920 lést Pérez úr lungnabólgu, rétt rúmlega 23 ára að aldri, eftir að hafa veikst í kappleik.
