Sejak tahun 2012, sistem persinyalan di stasiun ini telah diganti dengan sistem persinyalan elektrik tipe CBI (Computer Based Interlocking) alias SIL-03 buatan PT Len Industri Indonesia (Persero) yang merupakan sistem persinyalan elektrik paling modern saat ini.[3] Stasiun ini awalnya hanya memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 1 merupakan sepur lurus arah Maos dan Cilacap serta jalur 2 merupakan sepur lurus arah Karangtalun. Kemudian, seiring dengan selesainya penggantian sistem persinyalan stasiun tersebut, terdapat dua jalur belok baru di sisi barat laut stasiun sehingga jumlah jalurnya bertambah menjadi empat.
Layanan kereta api
Mulai 1 Agustus 2015, stasiun ini sempat hanya melayani persilangan dan penyusulan antarkereta api saja. Saat itu, KA Purwojaya sebagai satu-satunya kereta api penumpang yang melewati jalur kereta api Maos-Cilacap tidak berhenti di stasiun ini karena stasiun ini dinilai masih belum bersih dari para penumpang gelap yang sering naik-turun kereta api tanpa memiliki tiket.[4]