Ia mengawali karier dengan menjadi asisten sutradara Rudi Soedjarwo dan Riri Riza.[1]
Pada tahun 2002, Rako Prijanto dipercaya oleh Mira Lesmana untuk membuat puisi cinta Rangga di film Ada Apa dengan Cinta (2002).[2] Setelah beberapa tahun bekerja dan belajar mengenai dunia film dari Rudy Soedjarwo, Riri Riza, dan Mira Lesmana, Rako Prijanto menggarap film pertama yang berjudul Ungu Violet pada 2005.[3]