Pendidikan di Kabupaten Poso semakin meningkat pasca kerusuhan yang terjadi beberapa tahun sebelumnya. Pada tahun 2015, Poso memiliki 170 Taman kanak-kanak, 231 Sekolah Dasar, 76 Sekolah Menengah Pertama, 19 Sekolah Menengah Atas, dan 16 Sekolah Menengah Kejuruan. Universitas swasta terbesar di Kabupaten Poso adalah Universitas Sintuwu Maroso yang didirikan pada tahun 1986. Universitas Kristen Tentena yang terletak di kota Tentena diresmikan pada tanggal 1 Mei 2007 secara langsung oleh Presiden Indonesia saat itu, Susilo Bambang Yudhoyono.^[1] Sekolah Tinggi Agama Islam Poso, mulai beroperasi pada bulan Juni 2010.^[2] Perguruan tinggi lainnya adalah Poltekkes/Akademi Keperawatan Poso, Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Husada Mandiri.

Kebutuhan sarana pendidikan di Kabupaten Poso meningkat pada periode 1980-an. Pada awal tahun 1986, sebuah organisasi bernama Yayasan Pendidikan Sintuwu Maroso mempersiapkan proposal pendirian Universitas Sintuwu Maroso. Para anggota organisasi melakukan penjajakan dukungan dari Universitas Tadulako di Palu. Pada tanggal 14 September 1986, Koordinator Kopertis Wilayah IX, Ridwan Saleh Matayang bersama tim memutuskan bahwa Universitas Sintuwu Maroso memenuhi syarat untuk memperoleh izin operasional. Pada tanggal 15 September 1986, Koordinator Kopertis Wilayah IX melantik mantan Bupati Poso, Marto Herlan Koeswandi sebagai Rektor Universitas Sintuwu Maroso yang pertama.

Pemerintah Kabupaten Poso di bawah kepemimpinan Bupati Piet Inkiriwang menggagas pendidikan harmoni yang dimulai di sekolah-sekolah, terutama sekolah dasar. Program pendidikan harmoni sendiri mulai dijalankan di Poso pada awal tahun 2007. Pemerintah Kabupaten Poso menjalin kerja sama dengan Wahana Visi Indonesia (WVI) untuk menjalankan program pendidikan harmoni ini. Program pendidikan harmoni ini sengaja diluncurkan untuk menghilangkan stigmatisasi wilayah-wilayah tertentu di Poso sebagai basis kelompok komunitas agama tertentu.^[3] Program pendidikan harmoni sudah efektif dilaksanakan selama lima tahun (2009-2014) di Poso. Dalam kurun waktu 5 tahun, pendidikan harmoni sudah diterapkan di 14 sekolah dasar model, 21 sekolah dampak atau imbas, 7 SMP dan 9 PAUD yang tersebar di 10 Kecamatan. WVI mengakhiri tugasnya pada Desember 2014. Pemerintah Daerah Poso melalui Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Poso, menyatakan bahwa pendidikan harmoni yang diwarisi dari WVI akan menjadi salah satu program disemua jenjang pendidikan di Poso. Pada 19 Mei 2014, hal ini semakin diperkuat dengan payung hukum berupa Peraturan Bupati Poso No. 14 Tahun 2014 tentang penyelenggaraan pendidikan karakter berbasis harmoni.^[4]