Dia dipenjara oleh sang khalifah (keponakannya sendiri) di Baghdad pada saat pasukan Mongol datang menaklukan Baghdad tahun 1258. Ketika pintu penjara dibuka dia berhasil melarikan diri ke padang pasir Irak. Di situ dia tinggal untuk beberapa saat. Pada 1260 Kesultanan Mamluk berhasil menang pada Pertempuran Ain Jalut dan mengusir Pasukan Mongol dari Levant (Suriah), maka setelah itu dia bisa pergi ke Kairo. Di Kairo Sultan Azh-Zhahir Baybars menobatkannya sebagai Khalifah walaupun tanpa kekuasaan politik. Setelah menjadi khalifah maka dia berencana untuk pergi ke Baghdad mengambil kembali kekuasaannya. Sultan Baibars mengantarkannya sampai Damaskus dan membekalinya dengan tentara. Di Irak dia berhasil menguasai Haditha kemudian dia menuju Hita dan bertemu pasukan Mongol. Dalam pertempuran dengan pasukan Mongol dia terbunuh.[1]
"Dia dipenjarakan di Baghdad. Tatkala Tartar menguasai Baghdad dia dilepas dan melarikan diri dari Baghdad. Dia berjalan ke perbatasan Irak dan tinggal di sana. Tatkala Sultan Azh-Zhahir Baybars mengobatkan diri sebagai sultan, dia datang dan disertai sepuluh orang dari Bani Muharisy untuk menemui sultan. Sultan yang disertai para hakim segera keluar menyambut kedatangannya. Timbul rumor di Kairo tentang siapa dia sebenarnya. Akhirnya dia menegaskan nasab keturunannya di depan para hakim agung, Tajuddin bin Binti al-A'azz. Setelah itu ia dilantik sebagai khalifah."
Yang pertama kali membaiatnya sebagai khalifah adalah Sultan azh-Zhahir sendiri, disusul kemudian oleh Hakim Tajuddin, lalu Syaikh al-'Izz bin Abdus Salam dan disusul oleh pejabat lain secara bergilir sesuai dengan kedudukan mereka masing-masing. Pembaiatan tersebut berlangsung pada tanggal 13 Rajab 659 H / 13 Juni1261.
Saat itu pula, seorang penguasa di Halb, Syamsuddin Aqusy juga mendirikan khilafah dan bergelar Al-Hakim Biamrillah.
Al-Mustanshir berencana untuk pergi ke Irak, sultan pun ikut mengantarkan kepergiannya sampai Damaskus. Khalifah berangkat bersama raja-raja Timur dan Sinjar, serta penguasa Halb pun bergabung dan menyatakan diri taat kepada perintah Al-Mustanshir. Khalifah berhasil menaklukkan al-Haditsah, lalu Hita. Saat itulah datang tentara Mongol, di mana kedua pasukan bertempur sengit. Sebagian kaum muslimin terbunuh dalam pertempuran itu. Sedangkan khalifah sendiri dihukum pancung. Tetapi ada pula yang menyatakan bahwa dia selamat dan melarikan diri.
Peristiwa ini terjadi pada 3 Muharram 660 H / 28 November1261. Dengan demikian dia hanya menjabat sebagai khalifah dalam waktu tiga bulan lebih. Setelah itu al-Hakim Biamrillah menjadi khalifah yang sebelumnya telah dilantik di Halb.
.png){kind=small}