1961-ben érettségizett a jászberényi Lehel vezér Gimnáziumban, majd felvették a Marx Károly Közgazdaságtudományi Egyetem (MKKE) terv-matematika szakára, ahol 1966-ban szerzett közgazdász diplomát. 1969-ben szerzett „Sub Auspiciis Rei Publicae popularis” kitüntetéssel, az Elnöki Tanács által adományozott aranygyűrűvel egyetemi doktorátust.
Diplomájának megszerzését követően az egyetemen maradt és a népgazdasági tervezés tanszék oktatója lett. Végigjárta az oktatói ranglétrát, 1981-ben kapott docensi kinevezést. 1979-ben a kvantitatív közgazdaságtan intézeti tanszék vezetője lett, mely tisztséget 1992-ig töltötte be. 1984-ben kinevezték az egyetem Makrotervezési és -modellezési intézetének igazgatójává.
1986 és 1988 között – Csáki Csaba akkori rektorral közösen – az egyetem képzéskorszerűsítési reformjának irányítója, amelyet 1988-ban vezettek be, előbb csak az MKKE-n, majd országosan. Kétszintű tantervi reformjuk mind tartalmában, mind szerkezetében egy vegyes piacgazdaság igényeihez és a nemzetközi követelményekhez igazította a hazai közgazdászképzést. 1988 és 1991 között az MKKE tantervi reformért és nemzetközi kapcsolatokért felelős rektorhelyettese volt.
1988-ban egyetemi tanári, majd 1992-ben tanszékvezetői megbízást kapott az egyetem Matematikai közgazdaságtan és ökonometria tanszékre, illetve 2003-ban Matematikai közgazdaságtan és gazdaságelemzés-re átnevezett tanszékre. 1998 és 2001 között Széchenyi professzori ösztöndíjjal kutatott.
1981-ben védte meg a közgazdaság-tudományok kandidátusi, 1990-ben akadémiai doktori értekezését. 1994 és 1997 között az MTA választott közgyűlési képviselője volt, 1998-ban megválasztották a Magyar Tudományos Akadémia levelező, 2004-ben rendes tagjává. Már korábban az MTA IX. Osztály Közgazdaság-tudományi Bizottságának tagja lett, 1996 és 2002 között elnöke is volt. 2001 óta az MTA IX. Osztály összevont Gazdaságtudományi Bizottságának elnöke, 2004-től az MTA Bolyai Kuratóriumának tagja.
1992-től 2009-ig az Egyetemi Doktori Tanács alapító elnöke, majd több ciklusban elnöke, 1996 és 2007 között az Országos Doktori és Habilitációs Tanács (ODHT), majd ODT elnökhelyettese, a 2008-as évben az ODT elnöke volt. 2001–2003 években a Magyar Akkreditációs Bizottság (MAB) Közgazdaságtudományi Szakbizottságának társelnöke, 2004 és 2006 között a Szakbizottság elnöke, illetve a MAB Plénum tagja is lett.
A Public Administration and Development, a Közgazdasági Szemle, a Szigma, a Tervgazdasági Fórum, az AULA: Society and Economy és az Egyetemi Szemle című szakfolyóiratok szerkesztőbizottságaiban is részt vett.
Közgazdász. MKKE lapja. 1978. 17. Horváth Nóra. Beszélgetés Zalai Ernővel. Zalai Ernő, a népgazdaság tervezése tanszék adjunktusa az 1977/78-as tanévet a Pittsburghi Duquesne Egyetemen töltötte
Közgazdász. MKKE lapja. 1979. 15. Megalakult a Népgazdasági Tervezési Intézet. — Beszélgetés az intézet igazgatójával, Stark Antallal — A jövőkutatási osztály vezetője Kovács Géza, a tervezésmódszertané Zalai Ernő, a tervezéselméleti és gazdaságpolitikaié Stark Antal
