1056 és 1062 között Ágnes névlegesen a bajor hercegi címet is birtokolta, politikai képességei azonban csekélyek voltak.[6] Ágnes a bajor hercegi címet 1061-ben átadta Norheimi Ottónak[7]
Az invesztitúraharc gyökerei
Kormányzásában Ágnes II. Viktor pápától kapott támogatást. Az új pápák, X. István és II. Miklós azonban a császári udvar jóváhagyása nélkül kerültek beiktatásra. Miklós pápa még a római nemesi pártok támogatását sem élvezte, pozíciójának biztosítására így a normannokban keresett szövetségest, mely törekvésében Hildebrand, a későbbi VII. Gergely támogatta. Ez volt az a pont, aholis a pápai Itáliát érintő politikában jelentős fordulat következett be. Az 1059-es dekrétum a pápai választásról a királyt kizárta a pápaválasztás jogköréből.
Ágnes a későbbi invesztitúraharcokban VII. Gergely oldalán állt. A harcok során Ágnesnek fiával kellett szembenállnia, akit 12 évig nevelt.[8] Ágnes azonban kitartott a Cluny szerzetesek reformmozgalma mellett.
Ágnes földi maradványait a Petronilla-rotondában helyezték végső nyugalomra a római Szent Péter-bazilikában.[9]