1801 és 1814 között az Esterházy család szolgálatában állt, illetve különböző területeken földet bérelt és gazdálkodott. Az Esterházyak támogatták szakírói tevékenységét is. Ebben az időszakban jelent meg a Pallérozott mezei gazdaság 3 kötete és a Mathesis 2 kötete.
1814-től Bécsben, 1816-tól Pesten jelentette meg lapját, a Nemzeti Gazdát, de 1818-ban ennek a lapnak a kiadását sem tudta tovább finanszírozni. A lap célja elsősorban a mezei gazdálkodás, ezen belül a belterjesség, a takarmánytermesztés, főként a kukoricatermesztés, a talajművelés és a növényápolás korszerű eredményeinek az elterjesztése volt. A gazdasági válság következtében azonban javaslatai nem találtak kedvező fogadtatásra.
1818-tól újra földet bérelt, gazdálkodott és üzleti vállalkozásokból élt. Többek között a budai Vár alatt is vásárolt területet és ott szőlőt telepített.
1827-ben Kolozsváron megindította az első erdélyi politikai lapot, a Hazai Híradót, amit 1828-tól Erdélyi Híradó címmel jelentetett meg. A tudományos élet fellendítéséért harcolt, társadalmi, gazdasági reformokat sürgetett. 1831 őszén az újságot eladta, ő maga pedig Szilágysomlyóra költözött. Néhány hónappal később, életének 70. évében, 1832. február 22-én itt is halt meg.
Ungarische Grammatik. Nach den Grundsatzen Johann Farkas ganz umgearbeitet. Wien, 1798
Pallérozott mezei gazdaság. I. darab. Sopron, 1805., II. darab. Pozsony, 1908., III. darab. Pécs. 1814
Mathesis. Bécs, 1812. I-II. köt.
Pestis ragadvány ellen oltalom. Németből magyarra fordította P. F. Bécs, 1814
Természethistória és mesterségtudomány. Bécs, 1815
Természethistória és mesterségtudomány. Első rész, I. kötet. Az állatokról / a' tanítók' és tanulók' szükségekre 's az ebben gyönyörködők' hasznokra kész. Kisszántói Pethe Ferentz; hasonmás kiad.; Kossuth, Bp., 2008 (Értékőrző könyvtár)
A földmívelési kímia gyökere egymásból fojó leczkékben. Ánglusból fordította, s jegyzéssel bővítette. Bécs, 1815
Időpróféta vagy időváltozást jövendölő pókok. Pest, 1816
Dezsényi Béla: Pethe Ferenc "Gazdaságot Tzélzó Újság"-jának néhány problémája. MKsz. 1943
Süle Sándor: Kisszántói Pethe Ferenc (1763–1832); Akadémiai, Bp., 1964
Kisszántói Pethe Ferenc élete és munkássága, 1763–1832. A Tiszavasváriban, 1982. február 20-án megtartott emlékülés anyaga; szerk. Hársfalvi Péter; Bessenyei György Tanárképző Főiskola, Nyíregyháza, 1983