Gazdag felvidéki földbirtokos nemesi család egyetlen fiúgyermekeként született. Apja Konkoly-Thege Elek (1813-1884), Komárom vármegye szolgabírája, anyja bernátfalvi Földváry Klára (1820-1903) volt.[2] Nagyszülei Konkoly-Thege Gábor (1780-1827) és Galambos Mária (1793-1839) voltak.
1864-ben letette még a hajóskapitányi és hajógépészeti vizsgát, épített magának egy jachtot, amely később egy török személy birtokába került. 1867. április 26-án, az akkori politikai áramlatnak engedve, Komárom vármegye aljegyzője lett, azonban a hivatal viseléshez nem volt kedve, arról csakhamar lemondott, és kizárólag a csillagászati tanulmányoknak szentelte idejét.
1869-ben ógyallai birtokán csillagvizsgálót építtetett, amelyet az évek során nemzetközi hírű obszervatóriummá bővített. Megfigyelései 1871-ben kezdődtek. Leginkább a meteorok és üstökösök kutatása során ért el jelentősebb eredményeket, de foglalkozott bolygók észlelésével és spektroszkópiás (színképelemzéses) vizsgálatokkal is. A csillagászat műszaki oldala sem hagyta hidegen, több távcsövet, spektroszkópot is tervezett, illetve készített.
Az ő közreműködésének köszönhetően létesültek a következő csillagvizsgálók: 1878-ban a Haynald-obszervatórium Kalocsán, 1881-ben Gothard Jenő és Sándor obszervatóriuma Herényben, majd 1886-ban Podmaniczkyéké Kiskartalon.
Sokoldalúságát mutatta, hogy foglalkozott még közlekedéstervezéssel, hajótervezéssel, fényképészettel, sőt zenével (több saját zeneműve ismert) is. Anyanyelvén kívül németül, franciául, angolul, olaszul folyékonyan beszélt.
A Magyar Tudományos Akadémia1876. június 8-tól levelező, majd 1884. június 5-től tiszteletbeli tagjai közé választotta. Tevékeny részt vett számos bel- és külföldi tudományos társulat működésében, s így szerzett érdemeiért 1881-ben a londoni Királyi Csillagászati Társaság, a liverpooli Astronomycal Society, az Association Scientifique de France, az Astronomische Gesellschaft, a bécsi Photographische Gesellschaft és a bécsi Electrotechnischer Verein is megválasztotta tagjának.
A hazai csillagászat terén kifejtett tevékenysége elismeréséül 1887-ben a király a III. osztályú Vaskorona-renddel tüntette ki. Nemkülönben tulajdonosa volt a tudományért és művészetért adományozott nagy éremnek, a Mária Terézia aranyéremnek, a Voigtländer-féle és egyéb kiállítási aranyéremnek és díszokmánynak. 1913. július 11-én a Ferenc József-rend középkeresztje csillaggal fokozatát adományozta számára az uralkodó.
1885-ben Komárom vármegyénél kitüntetésre javasolták.[4] Tagja volt a Komáromvármegyei és Városi Muzeum-Egyesületnek,[5] majd haláláig az utódjának, a Jókai Közmívelődési- és Muzeum Egyesületnek.[6]
Konkoly-Thege Tata város szabadelvű programmal megválasztott országgyűlési képviselőjeként (1896 és 1905 között) elsősorban a csillagászat és a közlekedés ügyéért lobbizott. 1896-ban miniszteri tanácsosi címet kapott.
1899. május 16-án kelt „Ajándékozási szerződés”-ben ógyallai birtokát és az obszervatóriumot a magyar államnak adományozta. Fegyvergyűjteménye és más tárgyai a komáromi múzeum gyűjteményébe kerültek.
Felesége Madarassy Erzsébet volt.
Érdekesség
Konkoly Thege Miklós zenét is szerzett, a Rózsavölgyi és társa zeneműboltban kapható volt a Több is veszett Mohácsnál, és a Helyre Kati lassu és csárdás kottája, a darabokat Konkoly Thege Miklós írta át zongorára. 1861-ben a Zenészeti Lapokban Mosonyi Mihály elemezte a Szegény paraszt című csárdását, a részletes elemzést Mosonyi a következő méltató szavakkal kezdi: „Mennyi kedélyesség és minő természetes pathost találunk a Szegény paraszt című csárdásban!”[7] A zongoraműveken kívül pedig nyitányt is komponált Jókai MórMilton című drámájához, melynek 1876. április 3-án volt a bemutatója.[8]
Hulló csillagok megfigyelése a magyar korona területén 1871-1882. Uo. 1877-83. (Ért. a math. t. kör. VI. 1., 2., 8., VII. 3., 11., VIII. 5., IX. 6., X. 3.)
Beobachtungen angestelt am astrophysikalischen Observatorium in Ó-Gyalla. Halle, 1879-95. XVIII. köt.)
Annalen der Sternwarte in Ó-Gyalla, I-VIII. Band (VIII. Spectroscopische Durchmusterung des südlichen Himmels von O° bis ‐15° Declination) IX., X. Halle. (Összesen 133 ív.)
Astrophysikai megfigyelések az ó-gyallai csillagvizsgálón 1880 és 1881-84-ben. Uo. 1880-1885. Rajztáblákkal. (Ért. a math. t. kör. VIII. 1., IX. 1., X. 2., X. 11., XI. 1., XII. 2.)
A napfoltok gyakorisága 1872-től 1884 végéig. Az ó-gyallai megfigyelésekből s azok összehasonlításával s részben kiegészítésével, a zürichi megfigyelésekkel. 2. kőny. tábl. Uo. 1885. (Ért. a math. t. kör. XII. 6.)
Praktische Anleitung zur Himmelsphotographie nebst einer korzgefassten Anleitung zur modernen photographischen Operation und der Spectralphotographie im Cabinet. Mit 218 Textabbildungen. Halle a. S., 1887. (A Himmelsphotographie cz. része a Trewendt-féle nagy természettud. Encyclopediának).
Handbuch f. Spektroscopiker im Cabinet u. am. Fernrohr. Praktische Winke für Anfänger auf dem Gebiete der Spectralanalyse. Uo. 1890.
Bevezetés a fotographozásba. Útmutatásul kezdő műkedvelőknek. Bpest, 1891.
A m. kir. országos meteorológiai intézet pavillonjának magyarázattal ellátott catalogusa. Uo. 1896.
Az ógyallai Konkoly-alapítványú asztrofizikai obszervatórium történetének rövid vázlata. Komárom - A Jókai Közmívelődési- és Muzeum Egyesület hivatalos értesítője 1913, I, 15-22.