A klubot 1945-ben alapították BOP Baltia Gdańsk néven, majd 1946-ban átnevezték és a ma is használatos Lechia nevet kapta. A lengyel labdarúgó-bajnokságban 1949. március 20-án debütáltak egy Cracovia elleni mérkőzésen, amelyet 5–1 arányban elveszítettek. Az első győzelmükre mindössze csak egy hetet kellett várni, ekkor a Ruch Chorzów gárdáját győzték le 5–3-ra.
A bajnokság végén a Lechia kiesett és a másodosztályban kellett folytatnia. A klub nevét újból megváltoztatták, ezúttal Budowlani Gdańsk néven szerepeltek. Az 1956-os szezonban a 3. helyet szerezték meg, ami mindmáig a klub történetének legjobb eredménye a lengyel labdarúgó-bajnokságban.
Az 1962–1963-as idény után ismét kiestek, majd 1967-ben a másodosztályból is búcsúzni kényszerültek. 1972-ben sikerült újra feljebb lépniük és 10 éven keresztül voltak tagjai a másodosztály mezőnyének. 1983-ban a klub történetének legnagyobb sikerét érték el azzal, hogy először megnyerték a lengyel labdarúgókupát, ahol a döntőben a Piast Gliwice ellen győztek 2–1 arányban, majd a lengyel szuperkupát is. Kupagyőzelmüknek köszönhetően indulhattak az 1983–1984-es KEK sorozatában, ahol a Juventussal kerültek szembe és 10–2-es összesítésben alulmaradtak. 1984-ben, 21 év után sikerült ismét az első osztályba feljutniuk. Az ezt követő időszakban szintén a korábbi liftező tendencia volt jellemző a csapatra.
A 2007-08-as szezonban megnyerték a másodosztályú bajnokságot és azóta az élvonalban szerepelnek. 2019-ben hosszú idő után újra megnyerték a lengyel labdarúgókupát.
