Johann Anton von Eggenberg und von Krumau herceg és Anna Maria von Brandenburg-Bayreuth őrgrófnő második gyermeke. Midőn édesapja meghalt, öccsével osztozkodni kellett a birtokokon. Mivel testvére leginkább Stájerországban tartózkodott, Johann Christian a csehországiKrumaut választotta lakhelyéül. Itteni kastélyába hozatta édesapja híres arany hintaját, ami a mai napig látható. Ő kezdte meg a kastély barokk stílusú átépíttetését, rengeteg új termet alakíttatott ki, sőt, kastély-színházat is építtetett. 1661 és 1668 között új parkot terveztetett kastélyának francia stílusban, melyet azóta is nagy gonddal ápolnak. Csehország talán legszebb kastélyát hagyta az utókorra.
Családja
1666. február 21-én nőül vette Maria Ernestina zu Schwarzenberg hercegnőt, akivel egyetlen közös gyermekük született: