1 A felnőtt klubokban játszott mérkőzések és gólok csak a bajnoki mérkőzések adatait tartalmazzák. Utolsó elszámolt mérkőzés dátuma: 2024. augusztus 11. 2 Utolsó elszámolt válogatott mérkőzés dátuma: 2015. június 14.
João Nunes Setúbal városában született, és kilencéves korában került a Benfica akadémiájára. 2013 januárjában mutatkozott be a portugál másodosztályban, a lisszaboni klub tartalékcsapatában egy Santa Clara elleni 1–1-es döntetlen alkalmával.[1][2] A 2013–14-es idényben döntőbe jutott a benfica korosztályos csapatával az UEFA Ifjúsági Ligában.
2014. március 27-én öt évvel, 2019 nyaráig meghosszabbította szerződését a csapattal.[2] 2015. október 20-án, a Gil Vicente elleni 1–0-s győzelem alkalmával szerezte első gólját.[3]
2016. augusztus 29-én a lengyel élvonalban szereplő Lechia Gdańsk labdarúgója lett.[4][5] Szeptember 9-én mutatkozott be az Ekstraklasábhan, ahol összesen 76 alkalommal lépett pályára aklubnál töltött időszaka alatt.
2019. május 2-án végigjátszotta a Jagiellonia Białystok ellen 1–0-ra megnyert Lengyel Kupa-döntőt.[6]
2019. július 23-án a görög Panathinaikósz igazolta le.[7] A 2019–20-as szezonban tizenegyszer kapott lehetőséget az élvonalban, majd 2020 nyarán a Puskás Akadémia csapatához szerződött.[8] 2022-től 2024-ig a Casa Pia játékosa volt.
