A Párbeszéd Magyarországért megalakulásakor (2012) a párt egyik társelnöke volt. 2014-ben az Európai parlamenti választásokon az Együtt-PM választási szövetség jelöltjeként indult és mandátumot szerzett, 2019-ig képviselő volt az Európai Parlamentben.
2020. január 1-től a főváros brüsszeli képviseletének vezetője.
Közel félszáz hazai és nemzetközi publikációja van, társszerzőként és szerkesztőként a környezeti filozófiától, az ökoteológiától és a politikai ökológiától a környezetvédelmi közigazgatás vizsgálatán át az ökológiai rendszerek matematikai modellezéséig széles témakörben vett részt különböző publikációkban és munkákban. Házas, két gyermek édesapja.
Politikai pályája
2000-ben a Védegylet egyik alapítója volt, 2000–2001-ben a Jövő Nemzedékek Képviselete program titkára, 2003–2008 között a Védegylet szóvivője is. Közben számos kampányt, illetve programot vezetett (Verespatak, természetvédelmi és erdőprogram, stb.). 2005-ben a Sólyom László köztársasági elnökké választását célzó kampány egyik szervezője volt. Hétéves kitartó lobbimunka eredményeként, melynek vezetője volt, 2007-ben az Országgyűlés elfogadta a jövő nemzedékek országgyűlési biztosa intézményt létrehozó törvénymódosítást.
2008-ban a Lehet Más a Politika egyik alapítója, 2009-től az LMP választmányi tagja, szóvivője volt.
A 2010-es országgyűlési választáson Budapest 15. számú egyéni választókerületében, a párt budapesti területi listájának első és országos listájának második helyén indult; parlamenti mandátumot a budapesti lista vezetőjeként szerzett. 2010 májusától az LMP frakció elnökségének tagja. 2010-től 2013 februárjáig az Országgyűlés Fenntartható fejlődés bizottságának elnöke. E tisztségből való eltávolítását követően a Bizottság tagja. A Parlamentben elsősorban környezet- és energiapolitikai, valamint európai ügyekben volt aktív. Szakterületén több mint száz önálló és közel háromszáz módosító indítvány fűződik a nevéhez.
Július 8-án az LMP budapesti regionális kongresszusa a párt budapesti főpolgármester-jelöltjévé választotta.[4] A főpolgármester-választáson Tarlós István és Horváth Csaba mögött a 3. helyen végzett, 9,89%-os eredménnyel.[5]
2011. december 23-án LMP-s képviselőtársaival és aktivistákkal élőlánccal zárták el a Parlament bejáratait, így tiltakozva az aznap az Országgyűlésben szavazásra bocsátott, véleményük szerint a demokráciát súlyosan korlátozó törvények, köztük az egykulcsos adót kétharmadba öntő, a felsőoktatást átalakító, valamint az új választási rendszert létrehozó jogszabályok ellen.
A tisztségéről leköszönő Schiffer András helyére a 2012. január 28-29-i LMP-kongresszuson frakcióvezetővé választották.[6] Posztjáról az LMP XX. kongresszusán, 2012. november 18-án lemondott, miután a párt úgy döntött, hogy Jávor együttműködés-párti stratégiája helyett Schiffer András elképzelésének szavaz többséget, és az ökoszociálisok nem kezdenek együttműködést Bajnai Gordon választási mozgalmával, az Együtt 2014-gyel, sem más ellenzéki erőkkel.[7]
Miután az LMP 2013. január 26-i kongresszusa minden további egyeztetést kizárt az ellenzéki együttműködésről, többekkel kiléptek a pártból, és létrehozták a Párbeszéd Magyarországért nevű baloldali zöld formációt. Az új párt alakuló közgyűlésén Szabó Tímeával együtt társelnökké választották.
2013 októberében a Párbeszéd Magyarországért taggyűlése a párt 2014-es európai parlamenti választási listája vezetőjének választotta meg.
2014-ben az európai parlamenti választáson az Együtt-PM listájának 2. helyén szerepelt. A 2014-es európai parlamenti választáson az Együtt-PM lista egy mandátumot szerzett, Bajnai Gordon lemondása után ő kapta a mandátumot. A választási kampányban előre jelzett módon Európai Parlamentben a Zöldek/Európai Szabad Szövetség frakciójához csatlakozott.
Közismert a Paksi Atomerőműnek az orosz állami Roszatom részvételével megvalósuló bővítésnek ellenzéséről és kritizálásáról.[10] Részben Jávor Benedek bejelentései nyomán indított 2015 novemberében az Európai Bizottság több vizsgálatot[11] is a projekt ügyében, melyek 2017-re lezárultak.[12] A médiaszabadság területén beadott panaszai a közmédia működéséről illetve az állami reklámköltések piactorzító hatásairól is vizsgálatokhoz vezettek.[13] Egyik kezdeményezője, és 2019-ig házigazdája volt a 2016 óta az Európai Parlamentben minden évben megrendezésre kerülő Roma Hét eseménysorozatnak.[14] Az Európai Parlamentben végzett munkájának elismeréseként több díjban is részesült, köztük a 2019-ben az Év EP-képviselője díjban környezetvédelem kategóriában,[15] az Európai Adófizetők Szövetsége a 2014-2019-es ciklus legjobb képviselőjének választotta ugyancsak környezetvédelmi területen,[16] elnyerte a Media4Democracy díjat a médiaszabadság területén tett erőfeszítéseiért,[17] és 2017-ben átvehette a spanyol Fundación Secretariado Gitano által az EP ARDIArchiválva2018. április 18-i dátummal a Wayback Machine-ben (Antirasszizmus és diszkrimináció) munkacsoportjának ítélt díjat.[18]
Erdőfigyelő jelentés 2003. A védett területek kezeléséről a WWF Magyarország felmérésének tükrében; szerk. Exner Tamás, Jávor Benedek; WWF Magyarország, Bp., 2003 (WWF-füzetek)
Felelősségünk a teremtett világért. Egyházi dokumentumok az ökológiai válságról; szerk. Jávor Benedek; Védegylet, Bp., 2004 (Védegylet füzetek)
Mielőtt odaláncolod magad. Útmutató a városi zöldfelületek és fák védelméhez; szerk. Jávor Benedek, Várady Tibor, Toma Gábor; Védegylet, Bp., 2006 (Védegylet füzetek)