Miután az Egyiptomi Légierőben futott be karriert, 1975-ben alelnökké nevezték ki, majd Anvar Szadat1981. október 6-ai meggyilkolása után emelkedett az elnöki székbe. A merénylet után rendkívüli állapotot vezettek be, ami harmincéves kormányzása idején végig érvényben volt. Az intézkedés lehetővé tette a polgári szabadságjogok korlátozását, különleges bíróságok működését, emberek írásbeli végzés nélkül is letartóztatását és az írásos felhatalmazás nélküli házkutatásokat.
Négy alkalommal választották újra. Mohamed Ali pasa (1806–1849) óta a leghosszabb ideig uralkodó egyiptomi államfő volt. Jelentősen fejlesztette országa turizmusát.
2011 januárjában fegyveres összecsapásokba és gyújtogatásokba torkolló tüntetés-sorozat kezdődött Mubárak elnök ellen.[1]Február 1-jén a nyomás alatt Mubárak bejelentette, hogy nem indul a szeptemberben esedékes elnökválasztáson.[2] Miután azonban a tüntetések tovább folytatódtak, az elnök 2011. február 11-én lemondott, és a hatalmat a hadsereg vezérkarának adta át.[3]
Az orvosi jelentések szerint gyomorrákja volt.[4] 2012. június 2-án az arab tavasz eseményeit vizsgáló bíróság életfogytiglani börtönbüntetésre ítélte a volt államfőt, mert a fegyveres erők több mint 800 tüntetőt öltek meg a forrongás idején Egyiptomban. A volt elnök fellebbezett. Jelentések szerint az ítélet után Mubárak szívrohamot kapott az őt elszállító helikopter fedélzetén. Azóta egy katonai kórházban ápolták. 2014 novemberében felmentették a gyilkosság vádja alól.[5] 2014 májusában közpénzek elsikkasztásáért 3 év börtönre ítélték.[6]
2020. február 25-én hunyt el egy kairói kórházban.[7][8] Katonai tiszteletadással temették el.[9]