Építőmester, építész, szakíró, politikus és közember. Tizenhét évesen kezdett dolgozni a pesti építkezéseken, majd ösztöndíj segítségével elvégezte a Műszaki Egyetem Építészmérnöki karát.
Az egyetem elvégzése után Németországban és Franciaországban tett nagyobb utazást. Onnan hazatérve kisebb emeletes és földszintes házakat épített. Építészeti tevékenységének súlypontja a nyolcvanas évek elejére esik.
Fő műve az Andrássy út 62. alatt lévő palotája, mely 1882-ben készült el. Csak nyolc évig volt a tulajdona, végül 1950-ben a Magyar Állam kezébe került, s lett a Magyar Tudományos Akadémia Földrajztudományi Kutató Intézete.
Az Országház fő felügyelője volt. Az 1885. évi országos őszi kiállítás épületeinek tervezője és kivitelezője, melyért a Ferencz József-rend lovagkeresztjével tüntették ki.
Halála előtt nem sokkal kinevezték a főrendi ház palota gondnokává.
Halálának századik évfordulójára emlékezve, 2003. november 15-én emléktáblát avattak a Bobula-palota falán.
Felesége Pozdech Mária (Jozef Pozdech harangöntő lánya). Fiai: János (építész) és Titus (építész Amerikában).
Irodalmi és politikai pályája
Szerkesztette a junos című ifjúsághoz szóló szórakoztató lapot. 1868-ban létrehozta a Slovensky národnodemokraticky spolok (Pesti Nemzeti Demokrata Tót Kört) és annak sajtóorgánumát, a Slovenské noviny (Szlovák Újság 1868-75) című lapot. 1876-ban létrehozta a Dunaj című folyóiratot, de csak hat száma jelent meg.
1869-72-ben Bobula vezetése alatt működött az első "tót-magyar" nyomda és könyvkiadó, a Minerva.
1872-ben megalakította a Segélyező Pénztárat (Pomocná pokladnica). A magyar kormány nemzetiség ellenes politikája következtében megszüntetett Matica slovenskát, és a három szlovák gimnázium bezárását követően Bobula visszafordult, és eltávolodott a szlovák közélettől.
1888-ban kiadkja a Magyarország iparügye című könyvet, amelyről mindenki elismeréssel nyilatkozik.
Az Építészeti Szemle alapító szerkesztője volt 1892 és 1898 között.
1897-ben adta ki Huszonöt év magyar ipar szolgálatában címmel.
Pasigrafiai szótár a magyar nyelvhez. Bachmaier Antal rendszere szerint; Deutsch, Bp., 1886
Bobula János programm-beszéde a Budapest-főváros VI. kerületi (Terézvárosi) szabadelvü választó polgárok előtt. 1887. május 23-án; Márkus Ny., Bp., 1887
Magyarország iparügye; Kókai Biz., Bp., 1888
Huszonöt év a magyar ipar szolgálatában. 1872–1897; Márkus Ny., Bp., 1897
Kálnoki Henrik: Bobula János szereplése közéletünkben, különös tekintettel az iparos és kereskedői osztály érdekében kifejtett mozgalmára; Kókai, Bp., 1879
Szlovák életpályák a dualizmuskori Budapesten. Ján Nepomuk Bobula, Milan Hodža / Slovenské životné dráhy v Budapešti v období dualizmu. Ján Nepomuk Bobula, Milan Hodža; szerk. Kovács Anna, Szabó Orsolya, ford. G. Kovács László, Hollerné Racskó Erzsébet; MTA Etnikai-nemzeti Kisebbségkutató Intézet–Józsefvárosi Szlovák Kisebbségi Önkormányzat, Bp., 2003
Ladislav Petro László: Ján Nepomuk Bobula Élete és munkássága / 1844–1903, Terézvárosi Szlovák Önkormányzat, Budapest, 2009, ISBN 978-963-06-7867-4
Déry Attila: Terézváros–Erzsébetváros – VI–VII. Kerület, TERC Kft., Budapest, 2006, ISBN 9789639535374(Budapest épitészeti topográfia 3.)