Eredetileg mechanikus csúszkaládás, hárommanuálos és 49 regiszteres volt. A harmadik manuál mechanikus kúpláda szerkezetben épült, redőnyben volt, és keskeny vízszintes redőnylevelekkel rendelkezett; egy harmóniumsípsor volt beleépítve, melynek claveoline volt a neve, és a játszóasztalban helyezkedett el. Az orgona hangképe az 1800-as évek közepének Salzburg környéki hatását idézte, mivel az építőmester innen hozta tudományát Magyarországra.
Az orgona elkészülte után viszonylag jól funkcionált, voltak viszont légellátási és mechanikabeli problémái. Később az állapota megromlott; az első világháborúban nagymértékben károsodott, a homlokzati sípjait háborús célra rekvirálták. Ezeket 1924-ben, az Angster gyárban készült horgany sípokkal pótolták. A második világháborúban a Mooser orgona erősen megsérült, ezért egy pneumatikus kúpládás orgonát építettek a jelenlegi orgonaház oldalába, amely két manuállal rendelkezett. Az orgona felújjítási munkálatait Vági Gyula orgonaépítő mester és Farkas János, Perlaki Lajos, Szucsák János orgonaépítők végezték. 2000. - után, a munkát a Vági Kft. folytatta. Az 1970-es évek közepétől 2014-es haláláig Baróti István volt a székesegyház orgonistája, aki megalkotta az orgona diszpozícióját, valamint megmentette az utókor számára a régi Mooser-orgona megmaradt sípsorait.
A Mooser-féle diszpozíció
I. manuál: Principal 16', Viola di Gamba 16', Bourdon 16' Quint major 5 1/3', Octav 8' Coppelflöte 8', Quintatön 8', Flauta major 8', Violon 8', Tromba 8', Waldflöte 4', Cornett (4 sor) 4', Superoctav 4', Quint 2 2/3', Piccolo 2', Mixtura (8 sor) 2', Cymbalo (3 sor) 1'.
Forrása: Szigeti Kilián: Régi magyar orgonák Eger (123-125. old.)
Jellemzői
A jelenlegi[mikor?] diszpozíció 146 regisztert tartalmaz, melyek öt manuálon vannak elosztva. Szerkezete elektromos csúszkaláda, 2 millió soros Setzer-kombinációval rendelkezik. Jelenleg[mikor?] 77 regiszter működik; építése jelenleg[mikor?] is folyamatban van. Az első manuálon fog helyet kapni Mooser hat regiszteres kúpládája, Bourdon 16' nyitott fasípsora, stb.