Délen a 130 km hosszú, 20 km széles, 2500–3400 m magasan fekvő Alaj-völgy határolja, amiben a Vahs (Kizil-Szu) folyó folyik. Az Alaj-völgy átjáró a Rast-völgyön keresztül az ókoriBaktria területe és a Tarim-medence között, nyári legelőkkel.[1]
Ettől még délebbre az Alajontúli-hegység (Transzalaj(wd)) erősen eljegesedett lánca már a Pamírhoz tartozik, a Pamír legészakibb része.[1] Itt található az Ibn Szína (korábbi Lenin-csúcs).
Vízrajz
A hegység déli lejtőinek patakjai a Vahsba áramlanak, amely az Amu-darja mellékfolyója. A hegyvidék északi lejtőiről lefolyó patakok a Szir-darja mellékfolyói.