Édesapja Abacs Mártontordailelkész volt. 1762-ben járt a nagyenyedi főiskolára, 1767-ben Fogarason lett iskolamester, 1770-ben pedig külföldi akadémiákra ment. 1774 tavaszán tért vissza szűkebb hazájába, Erdélybe, és a dési egyház hívta őt meg lelkésznek. 1782-től a dési egyházmegye esperese lett, 1796. március 21-én, Keresztes Máté halálával az erdélyi református egyház püspöki tisztségét töltötte be 1815-ben bekövetkezett haláláig. Esperesként létrehozott egy gyámintézetet a lelkészek özvegyei és árvái számára, ez azonban távozása után megszűnt.
Neki jutott az a nehéz feladat, hogy újból kihirdesse az 1791. évi 53. és 57. törvénycikkelyeket, amelyek az Erdélyben bevett négy vallás jogainak, szabadságainak és szabad gyakorlásának az egyenlőségéről, illetve a vegyes házasságból született gyermekek vallásáról, kereszteléséről szólnak. A törvénycikkelyeket ugyan elődje, Keresztes Máté már kihirdette, de a római katolikus egyház több ponton is sérelmezte a törvényt (például a reverzális eltörlését), és az uralkodóhoz fordult, aki 1792-ben a törvény szellemével ellenkező rendeletet bocsátott ki. Abáts – aki feltehetőleg nem akart lemondani a református egyházat megillető jogokról, de nem is akart szembekerülni illetve lelkészeit szembeállítani a hatalommal – 1798. augusztus 20-i körlevelében szó szerint kihirdette ezeket a törvénycikkeket, gyakorlati tanácsaiban azonban nem javasolta az egyenlő jogok minden körülmények közötti kierőszakolását.
1804. márciusban, amikor az idős Benkő József ismételten megszegte az esketésekre vonatkozó törvényt, a püspök javasolta, hogy fosszák meg hivatalától, és a régi szokás felelevenítésével „papi ruhája elvágattassék,” az egyházi főtanács azonban kíméletesebb büntetést szabott ki rá.
Mint a dési református egyház lelkipásztora és esperese1785. október 16-ánSalánki Imre felett tartott halotti beszédet, amely a következő címmel jelent meg Kolozsváron: Ifjakhoz intéztetett, de mindeneket valóságos böltsességretanitó Bölts Regula (1787)
Konfirmációi kátéja több kiadást ért meg. Üdvözlő verset írt Köpeczi B. Sámuelhez (1772), gyászverset gróf Teleki III. Sándor halálára (1767)
.svg){kind=small}
