A 2009–10-es ligakupa a sorozat harmadik szezonja volt, amit új formában rendezett meg az MLSZ. A címvédő a Videoton volt, mely még FC Fehérvár néven nyerte el a kupát. A Kecskeméten rendezett döntőben a Debreceni VSC 2-1-re győzte le a Paksot.
A 12 élvonalbeli csapatot (a nemzetközi porondon érdekelt Debrecen, Újpest, Haladás és a Honvéd csak februárban, a középdöntők során kapcsolódik be) két csoportra osztják, mindkettőből az első két helyezett jut tovább. A csoportmérkőzések július 22-én kezdődnek, s az év végéig tartanak. A középdöntők - amelyekbe már a négy kupacsapat is bekapcsolódik - februárban veszik kezdetüket.
Az a tizenkét első osztályú csapat szerepel a csoportkörben akik nem szerepelnek semmilyen nemzetközi kupában. Mindkét csoportból két-két csapat jut tovább a középdöntőbe.
Színmagyarázat
A 2 csoportelső és csoportmásodik bejut a középdöntőbe.
A csoport többi helyezettjei nem folytathatják a kupaszereplését.
A középdöntőben beszállnak a küzdelembe azok a csapatok akik szerepeltek valamelyik nemzetközi kupában (Haladás, Debrecen, Újpest, és a Budapest Honvéd). A két csoportgyőztes játssza a ligakupa döntőjét. A döntőbe elsőként a DVSC jutott be, március 30-án. Érdekesség, hogy ligakupában, március 31-én rendezték meg, az első Újpest-Ferencváros mérkőzést, hiszen az eddigi sorozatokban rendre elkerülték egymást. A mérkőzés 1–0-s ferencvárosi sikerrel zárult, 500 néző előtt, a Szusza Ferenc Stadionban. A döntő másik résztvevője, a Paks csapata lesz, akik szintén veretlenül jutottak el a fináléig, akárcsak a Debrecen.
