A torna rendezési jogáért Ghána, Líbia és a Dél-afrikai Köztársaság szállt harcba, azonban a 2010-es labdarúgó-világbajnokság megrendezésére felkért Dél-afrika hamarosan visszalépett, így már csak két ország közül kellett az Afrikai Labdarúgó-szövetség Végrehajtó-bizottsági tagjainak választania. A döntést a CAF-székházában, Kairóban hozták meg, ahol Ghánát döntő fölénnyel, 9:3-as szavazati aránnyal választották meg a 2008-as afrikai nemzetek kupája rendező országának.
A jelentkező nemzeti labdarúgó-válogatottakat 12 csoportba osztották. Minden csoport győztese, illetve a négytagú csoportok legjobb három második helyezett csapata kvalifikálta magát a kontinensviadalra. Ghána, mint rendező ország a torna automatikus résztvevője.
A selejtező mérkőzéseket 2006. szeptember 2. és 2007. október 13. között rendezték.
A torna csoportjainak sorsolását 2007. október 19-én végezték a CAF-székházában, Egyiptomban. A 16 nemzeti válogatottat a korábbi afrikai nemzetek kupáján elért eredményeik alapján 4 kalapba osztották. Ghána, mint rendező ország az A csoport első, kiemelt helyére, míg Egyiptom a címvédő – a C csoport első, kiemelt pozícióját foglalta el automatikusan. Ez a csoportosítás teszi lehetővé, hogy a legjobb lehetőséget feltételezve - azaz, hogy mind a rendező ország, mind a címvédő csoportja első helyén végez - a házigazda és a címvédő csak a döntőben találkozhasson egymással. Minden csoportba négy csapatot sorsoltak, minden kalapból egyet-egyet. A kalapok a következőek voltak:
1. kalap: Ghána (automatikusan az A csoportba sorolták), Egyiptom (automatikusan a C csoportba sorolták), Nigéria és Tunézia.
