האיומים הביטחוניים למדינת ישראל תוארו לא פעם כ"שואה שנייה" פוטנציאלית.[1][2] במהלך מלחמת העצמאות היה חשש שתבוסה במלחמה תוביל לרצח עם נוסף של האוכלוסייה היהודית בארץ ישראל, הפעם בידי צבאות ערב. חששות אלו התבססו על האנטישמיות בעולם הערבי, על כך שחיילים ישראלים רבים איבדו קרובי משפחה בשואה, ועל כך שהמועד של המלחמה היה קרוב יחסית לתקופת השואה. גם במלחמת ששת הימים ישראלים רבים חששו משואה שנייה פוטנציאלית.[3][1]
האמונה ששואה שנייה מאיימת על העם היהודי היא מרכיב מרכזי שתרם רבות לתמיכה בקיומה של מדינת ישראל ובקיומו של צה"ל.[1][4] כך למשל, בשנת 1987, ציין יצחק רבין כי "בכל דור ודור מנסים להשמידנו" (ציטוט מההגדה של פסח) וכי השואה עלולה לקרות שוב.[4] לפני עלייתו לשלטון השווה מנחם בגין את קבלת הפיצויים מגרמניה כהתרה של "שואה נוספת".[5] לפני מלחמת לבנון הראשונה אמר בגין לממשלתו: "תאמינו לי, החלופה לכך היא טרבלינקה, והחלטנו שלא תהיה טרבלינקה נוספת". הוא גם הצדיק את תקיפת הכור הגרעיני בעיראק ב-1981, בכך שבעשותו כן הוא הצליח למנוע שואה נוספת.[1]
בשנת 2018 הצהיר ראש הממשלה בנימין נתניהו ש"איראן מעוניינת בשואה שנייה" ו"להשמיד שוב שישה מיליון יהודים", לאחר שמנהיג איראן תיאר את ישראל כ"גידול סרטני ממאיר".[6] ב-2020 הוא הצהיר שמשום שמדינת ישראל היא "מדינה ריבונית עם צבא חזק", "מדינת ישראל תעשה כל מה שצריך כדי למנוע שואה נוספת".[7]
סגן הנשיא האמריקני לשעבר מייק פנס ציין ב-2019 כי "המשטר האיראני תומך בגלוי בשואה נוספת ומחפש את האמצעים לממש זאת" בהתייחסו לתוכנית הגרעין האיראנית.[8]
מגמה זו זכתה גם לביקורת מצד ישראלים שונים.[4] כך למשל, בשנת 2017 ציין נשיא מדינת ישראל ראובן ריבלין כי הוא חולק על טענתו של בגין בדבר "טרבלינקה נוספת" - "לפי גישה זו, ההצדקה לקיומה של מדינת ישראל היא מניעת השואה הבאה. כל איום הוא איום להישרדות, כל מנהיג שונא ישראל הוא היטלר... כל ביקורת על מדינת ישראל היא אנטישמיות". לדבריו, הגישה הייתה "שגויה מיסודה" ו"מסוכנת".[9]
לאורך השנים רבים, כולל ניצולי שואה, הביעו חשש שכך האנטישמיות הגואה במאה ה-21 עלולה להוביל לשואה נוספת.[15]ישראל מאיר לאו, הרב הראשי לישראל לשעבר וניצול שואה, טען כי בעוד ששואה נוספת עלולה להתרחש בעתיד, "הפעם, העובדה שיש לנו מדינה יהודית שמרתיעה את שונאי ישראל, העובדה שיש לנו את צבא ההגנה לישראל, והעובדה שניצחנו במלחמות באופן מכריע, מובילה לסיטואציה שונה לחלוטין".[16]
בשנת 2019 השווה שר החינוך הישראלי רפי פרץ את נישואי התערובת בארצות הברית ל"שואה שנייה".[17] באותה העת 58% מהאוכלוסייה היהודית השוהה בארצות הברית היו נשואים לבן/בת זוג לא יהודי/ה. ג'ונתן גרינבלט, יו"ר הארגון היהודי הבין-לאומי הליגה נגד השמצה, ציין שהתבטאות של פרץ "מגמדת את השואה".[18]
