שארל היה בנו השני של פרנסואה, דוכס גיז, ואחיו של אנרי הראשון, דוכס גיז. ב-1572 השתתף במצור על עיר הנמל לה רושל, שהייתה מעוזם של ההוגנוטים, וזכה בתואר דוכס מיין. ב-1574, כשאנרי דוכס אנז'ו (לעתיד מלך צרפת, אנרי השלישי) נבחר למלך פולין, התלווה אליו שארל מלורן, דוכס מיין במסעו לפולין. הוא שב לצרפת במהרה כדי לסייע לאחיו, אנרי הראשון, דוכס גיז. ב-1577 השתתף בקרבות נגד ההוגנוטים במלחמת הדת השישית, ושימש בתפקיד אדמירל עד 1582. ב-1585 התמנה למושל חבל בורגון, ודאג לתמיכת חבל זה בליגה הקתולית, שאנשיה לחמו נגד ההוגנוטים.
ב-12 במאי1588 נמלט המלך אנרי השלישי מפריז, אחרי שהדוכס מגיז השתלט על העיר. המלך קרא לאספת המעמדות להתכנס בארמונו שבעיר בלואה. משהגיע הדוכס מגיז, הוא נרצח מיד בידי אנשי משמרו של המלך. ביום המחרת הוצא להורג גם אחיו הצעיר, לואי השני, הקרדינל מגיז. אחרי רצח שני אחיו (דצמבר 1588), הפך שארל מלורן, דוכס מיין, לראש הליגה הקתולית. הוא עשה הכנות לעלות על פריז, וגייס אנשי צבא בחבל בורגון ובחבל שמפאן. בעקבות רצח האחים גיז, התקוממה פריז נגד המלך, והפגנות רחוב קראו להדחתו.
שארל מלורן נכנס לפריז בפברואר 1589. הוא מינה את עצמו לממלא מקום ראש המדינה, ונשבע אמונים בפני הפרלמנט של פריז. המלך אנרי השלישי כרת ברית עם אנרי מלך נווארה (לעתיד מלך צרפת, אנרי הרביעי), ושניהם הטילו מצור על פריז. ב-1 באוגוסט 1589, בעת שהמלך הכין את צבאו למתקפה על פריז, הוא נפצע קשה בידי מתנקש, ומת ביום המחרת. שארל מלורן התבקש לקחת על עצמו את המלוכה, אך תמך בשארל הראשון, קרדינל דה בורבון, מועמדה של הליגה הקתולית למלך צרפת, שהיה אסיר של אנרי, מלך נווארה.
ב-21 בספטמבר 1589 הובס שארל מלורן בידי אנרי מלך נווארה בקרב ארק שהתחולל ליד חופי התעלה. פליפה השני, מלך ספרד שלח לעזרת שארל מלורן יחידות צבא שחנו בארצות השפלה, אולם ב-14 במרץ1590 הוא ניגף שוב בקרב איברי בידי אנרי, מלך נווארה. באותה שנה נפטר בכלאו שארל הראשון, קרדינל דה בורבון, והקתולים הקיצוניים דרשו למנות למלך צרפת מועמד קתולי חדש. אך המתונים בקרב הקתולים, שחששו מהשתלטות בית הבסבורג על צרפת, ביקשו לקיים שיחות שלום עם אנרי, מלך נווארה ההוגנוטי, שעם מות המלך השלישי, הפך ליורש העצר החוקי של הממלכה.
שארל מלורן פתח בשיחות שלום עם אנרי, מלך נווארה, ודרש ממנו להפוך לקתולי כדי לזכות בתמיכתה של הליגה הקתולית. ב-25 ביולי1593 קיבל על עצמו אנרי מלך נווארה את הדת הקתולית, וב-27 בפברואר1594 נמשח למלך צרפת בקתדרלת שארטר בשם אנרי הרביעי. באוקטובר 1595 חתם שארל מלורן על הסכם שלום עם המלך אנרי הרביעי, שלפיו התמנה למושל חבל איל-דה-פראנס, וזכה לפיצוי כספי ניכר. בכך הליגה הקתולית הגיעה לקיצה, מה שהביא לסיום מלחמות הדת בצרפת ב-1598.
