הוא למד באוניברסיטת מדריד. [3] בשנת 1899 מונה ליושב ראש הפקולטה ללימודים רומאניים באותה אוניברסיטה, תפקיד בו כיהן עד פרישתו בשנת 1939. בשנת 1900 נישא למריה גוירי, אשר בשנת 1896 הייתה לאישה הספרדית הראשונה שקיבלה תואר בפילוסופיה ומאוחר יותר, ב־1909, הפכה לאישה הראשונה שהשיגה דוקטורט לא רפואי באוניברסיטה ספרדית. הם בילו את ירח הדבש שלהם בחיפוש אחר המקומות הגאוגרפיים של שיר הסיד (Cantar de Mio Cid).
מננדס פידל נבחר לאקדמיה המלכותית הספרדית ב-1901 ונבחר למנהלה ב-1925. עם זאת, הוא התפטר ב-1939 בלחץ אקדמאים שרצו מנהל מקובל יותר על משטר פרנקו. עם זאת, בדצמבר 1947 הוא נבחר מחדש פה אחד למנהל, וכיהן בתפקיד עד סוף חייו.
בשנת 1910, הוא הפך לראש המדור לפילולוגיה במרכז למחקרים היסטוריים. בשנת 1914 הקים את כתב העת לפילולוגיה ספרדית, שהפוך לכתב העת המדעי המוביל בתחומי הבלשנות והספרות הספרדית של ימי הביניים והרנסאנס.
במהלך שנות ה-20 פרסם מננדס פידל סדרה של מחקרים מרכזיים שעקבה אחר התפתחותה של שירת המינסטרל בספרד של ימי הביניים. המחקרים האלה הם נקודת ציון בבלשנות הרומאנית, המשחזרים את השלב הפרה-ספרותי של הניבים האיברו-רומאניים, ואת ה"ניצחון" של השפה הקסטילית.
לאחר מלחמת האזרחים בספרד, מננדס פידל הפך ל"מלומד עצמאי" ושיפר חלק ניכר מעבודותיו המוקדמות יותר. הוא גם סיכם את ממצאיו על הבלדות הספרדיות. ויישם את התיאוריה שלו על מקורות השירה האפית על הספרות הצרפתית.
מננדס פידל עבד שנים רבות על היסטוריה מקיפה של השפה הספרדית, שאותה לא הצליח להשלים בחייו; שני הכרכים פורסמו לאחר מותו בשם "Historia de la lengua español" (2005).
הוא היה מועמד לפרס נובל 23 פעמים, אך מעולם לא זכה.
