מספר חודשים לפני מותו עִברת יחד עם בניו את שם משפחתו ל"בן-סירה" (פירוש השם "שיפְמן" הוא 'ספן').
פנחס שיפמן (בן-סירה) נפטר בדירתו בשנת 1945 לאחר מחלה קצרה, בגיל 71. נקבר בבית הקברות טרומפלדור בתל אביב (כעבור אחת עשרה שנה נקבר לידו המשורר דוד שמעוני).
במקביל לעבודתו החינוכית, שנמשכה 52 שנה, פרסם שיפמן מאמרים רבים בנושאי חינוך ומקראות ספרותיות עבריות.
בשנת תרס"ב-1902 הופיע מאמרו הראשון, בכתב העת העברי "השילוח". במרוצת חייו פרסם יותר מ-400 מאמרים ביותר מ-50 עיתונים, כתבי עת וקבצים שונים. בארץ, מיום הופעתו של העיתון "הצופה" הִרבה להשתתף בו בחלק הספרות-עיוני. כתב בעיקר בענייני חינוך, אך פרסם מאמרים רבים גם בסוגיות תרבות והלאום.
בשבתו בלידא פרסם את ספרו הראשון, "אכסניא של תורה", קובץ מאמרים בנושא הישיבות (תר"ע). כעבור שנה, בשנת תרע"א, פרסם את המקראה העברית "ביכורים", שבא הביא מן הספרות העברית. המקראה, שנועדה לכיתות העליונות (מקביל לחטיבת-ביניים–תיכון), זכתה לתפוצה נרחבת, ובכחמש-עשרה השנה הבאות ראתה אור בעוד עשר הוצאות ומהדורות מורחבות ומתוקנות.
בשבתו בתל אביב פרסם בשנת תרצ"ו את המקראה הספרותית לכיתות העליונות "תרומות", בשלושה כרכים, שהייתה כעין המשך ל"ביכורים".
לרגל יובל השלושים לעבודתו החינוכית החלו להתפרסם מבחר כתביו.[1] בשנים תרצ"ד–1938 הופיעו בא"י שטיבל מבחר מאמריו "תרבות וחינוך", בשני כרכים. בשנת תש"א הופיע בהוצאת הספרים הארץ-ישראלית כרך ג של מבחר כתביו, "החינוך הלאומי", ובשנת תש"ח, לאחר מותו, הופיע באמנות בסיוע מוסד הרב קוק, הכרך הרביעי, "בית היוצר", שערך מרדכי ליפסון, בתוספת רשימה ביוגרפית מאת דב סדן.
בשנת תשכ"א–1961, במלאת 15 שנה לפטירתו, ראה אור קובץ מאמריו "פרקים בחינוך" שערך חתנו יוסף אריכא, ואשר נועד להציג את עיקרי משנתו החינוכית.
ספריו
אכסניא של תורה: קבץ מאמרים ע"ד הישיבות, לידא: זעלדאוויץ, תר"ע.
מסרת התרבות, יקטרינוסלב: ההסתדרות הציונית, [תרע"ח?]. (ספרון)
היסוד הדתי בחנוך, ורשה: הוצאת קופת רבי עקיבא על יד ההסתדרות מזרחי בפולין, 1918. (ספרון)
מבחר כתביו
תרבות וחִנוך, 2 כרכים, תל אביב: א"י שטיבל, תרצ"ד–1938. (התוכן: כרך א: מסכת חנוך, כרך ב: פרקי חנוך)
החנוך הלאומי, ירושלים: הוצאת הספרים הארץ-ישראלית, תש"א. (כרך ג של מבחר כתביו)
פרקים בחינוך; בחר וכינס: יוסף אריכא, תל אביב: א’ ציוני, תשכ"א 1961.[3]
ספרי לימוד
בִּכורים: חריסטומטיה ספרותית-חנוכית למקרא ולמוד בשביל בני הנעורים, נועדה למחלקות העליונות שבבתי הספר והחדרים, וילנה: רוזנקרנץ, תרע"א. (מקראה לכיתות העליונות) (ראתה אור בעשר הוצאות ומהדורות נוספות, עם מילואים ותיקונים, עד אמצע שנות ה-20)
תרומות: סדור לספרות יפה ועיונית: בשביל המחלקות העליונות בבתי-הספר העממיים ובשביל המחלקות התיכוניות בבתי-הספר התיכונים, 3 כרכים, תל אביב: אמנות, תרצ"ו.
לקריאה נוספת
דב שטוק [סדן], 'קורות חייו של המחבר', בתוך: שיפמן בן סירה, בית היוצר (תש"ח).
יעקב בן-סירה, 'יד אבא', בתוך: שיפמן בן סירה, בית היוצר (תש"ח), עמ' 5–6. (דברים לזכרו)
נחום חיניץ, 'פנחס שיפמן – בן-סירה', בספרו: במחיצת אישים דגולים: מביאליק עד איינשטיין, תל אביב: חן, תשל"ב 1971, עמ' 161–165.
דב רפל, 'מ"מבחר הספרות" דרך "ביכורים" ל"תרומות": 40 שנה למותו של פנחס שיפמן-בן-סירה', עיונים בחינוך (כתב עת למחקר בחינוך) 43–44 (1986), 99–101.
יחזקאל בן-סירה, 'מקראות פנחס', דור לדור (קבצים לחקר תולדות החינוך היהודי בישראל ובתפוצות) 41 (2012), 13–19.
אוהד דוד, 'לאומיות וחינוך לאומי בהגותו ובפועלו של פנחס שיפמן בן-סירה', דור לדור 41 (2012), 22–27.